在债权转让后，若原债权人已经申请了执行，我们需要根据债权转让的法律原则和实际情况来进行分析和处理。
首先，我们要明确的是，债权一旦合法转让，原债权人通常即丧失申请执行的主体资格。这是因为债权转让后，受让人取代原债权人成为新的债权人，享有该债权的全部权利，这自然包括了向法院申请强制执行的权利。因此，在一般情况下，如果债权已经合法转让，原债权人再申请执行是不符合法律规定的。
然而，也存在一些特殊情况，原债权人可能仍保留或恢复申请执行的权利：
债权转让存在瑕疵：
- 如果债权转让合同被确认无效或被撤销，那么原债权人的债权将恢复。在这种情况下，原债权人可以基于恢复的债权重新获得申请执行的权利。但这种情况需要法律程序的确认，不是原债权人单方面可以决定的。
特别约定：
- 在债权转让时，如果原债权人和受让人之间有特别约定，例如约定在一定条件下原债权人仍保留申请执行的权利，并且这种约定不违反法律的强制性规定，那么在约定条件成就时，原债权人也可以依据该约定申请执行。但这种情况在实践中相对少见，且其法律效力可能受到严格审查。
针对您提出的问题，如果债权已经合法转让，但原债权人已经申请了执行，我们可以采取以下步骤：
确认债权转让的合法性：
- 审查债权转让协议是否符合法律规定，是否已经通知了债务人，并保留好相关证据。
与原债权人沟通：
- 了解原债权人申请执行的具体情况和原因，看是否存在误解或特殊情况。
向法院说明情况：
- 如果债权已经合法转让，且不存在上述特殊情况，可以向法院说明债权转让的情况，请求法院撤销原债权人的执行申请，或确认受让人为新的申请执行人。
受让人申请执行：
- 如果债务人未履行还款义务，受让人作为新的债权人，可以向有管辖权的人民法院申请强制执行，并提交相关证据材料。
在整个过程中，建议受让人和原债权人都保持冷静和理性，通过合法途径解决争议。如果遇到复杂的法律问题或执行难题，可以寻求律师等专业人士的帮助和支持，以确保各方当事人的合法权益得到妥善保护。