结论：违约金可以按照每天总金额的千分之几来约定，但这一约定是否合法且合理，需结合双方当事人的约定、法律规定及具体案件情况，由法院或仲裁机构综合判断。
一、违约金的法律基础与双方约定
在签订合同时，根据《民法典》的相关规定，双方当事人有权自主约定一方违约时应当支付的违约金数额或计算方法，这包括按照每天总金额的千分之几来约定违约金。这种约定体现了意思自治原则，只要不存在欺诈、胁迫等违法情形，且双方均明确知晓并同意该约定，那么这一约定在法律上通常是有效的。
二、法律规定的违约金调整机制
过分高于损失的调整：
- 若约定的违约金过分高于实际造成的损失，人民法院或仲裁机构可根据当事人的请求予以适当减少。这一规定旨在防止违约金成为不当得利或惩罚性赔偿，确保违约金的合理性。
- 例如，如果双方约定每日违约金为总金额的千分之五，但实际损失仅为总金额的千分之一，那么法院或仲裁机构可能会根据当事人的请求，将违约金调整至更合理的水平。
违约金上限：
- 根据相关司法解释，合同的最高合法违约金一般不得超过造成损失的百分之三十（也有观点认为是合理预见范围内的损失）。这意味着，即使双方约定了较高的每日违约金比例，其总额度也应控制在一定范围内，超出部分可能无法得到法院的支持。
- 例如，如果总金额为100万元，双方约定每日违约金为千分之五，那么一年（按365天计算）的违约金总额将高达182.5万元，这显然远远超过了可能造成的损失，因此法院或仲裁机构可能会对违约金进行调整。
特殊合同的限制：
- 对于某些特定类型的合同，如民间借贷合同，违约金、利息以及其他相关费用的总和不得超过合同签订之日起一年内同期贷款市场报价利率的四倍。这一规定对判断每日千分之几的违约金是否合法具有重要影响。
- 例如，在民间借贷合同中，如果双方约定的每日违约金比例过高，导致总费用超过了法定上限，那么超出部分将不会被法院支持。
三、实践中的考量因素
在实际操作中，法院或仲裁机构在判断违约金是否合法时，会综合考虑以下因素：
实际损失：
- 违约金的数额应与守约方的实际损失相匹配。过高或过低的违约金都可能被调整。这是判断违约金合理性的核心标准。
- 例如，如果守约方因违约行为遭受了1万元的损失，而双方约定的违约金为10万元，那么法院或仲裁机构可能会认为违约金过高，并予以调整。
合同履行情况：
- 包括合同的标的额、履行期限、履行方式等。这些因素都会影响违约金的计算和调整。例如，对于长期合同或大额合同，适当的违约金比例可能更高。
当事人的过错程度：
- 违约方的过错程度也是判断违约金是否合理的重要考量因素。若违约方存在故意或重大过失，法院或仲裁机构可能会倾向于支持较高的违约金以体现惩罚性。
四、建议与总结
谨慎约定违约金：
- 在签订合同时，双方当事人应谨慎约定违约金的数额或计算方法。既要考虑违约可能带来的损失，也要避免约定过高的违约金导致法律风险。
及时咨询与举证：
- 在发生违约纠纷时，应及时咨询专业律师（即我，吴金荣律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域），并收集相关证据以证明自己的实际损失或违约方的过错程度。这有助于更好地维护自己的合法权益。
理解法律调整机制：
- 双方应理解法律对违约金的调整机制，避免因约定不当而导致违约金被法院或仲裁机构调整至不合理水平。
综上所述，违约金可以按照每天总金额的千分之几来约定，但这一约定是否合法且合理需结合多种因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。