在借款合同中，可以约定违约金为千分之三，但需注意该约定是否合法合理，以及是否会受到法院的调整。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律允许性

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以在合同中约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。因此，在借款合同中约定违约金为千分之三，从法律层面讲是允许的。

2. 合理性考量

虽然法律允许约定违约金，但违约金的数额应当合理。如果约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。千分之三的违约金比例是否合理，需结合借款金额、借款期限、借款用途以及违约可能造成的损失等因素综合判断。

• 示例：假设借款金额为100万元，借款期限为一年，若约定违约金为千分之三（即每日违约金为300元），则一年下来违约金可能高达10万余元。如果实际损失远低于此数额，法院可能会认为违约金过高而予以调整。

3. 法院调整的可能性

如果约定的违约金过高或过低，当事人可以请求法院或仲裁机构进行调整。法院在调整违约金时，会综合考虑合同履行情况、当事人过错程度以及预期利益等因素。因此，即使借款合同中约定了千分之三的违约金，也不意味着该约定一定会被法院完全支持。

4. 建议

• 合理约定违约金：在约定违约金时，应充分考虑违约可能造成的实际损失，避免约定过高或过低的违约金。
• 明确违约情形：在借款合同中明确约定哪些情形构成违约，以及违约金的计算方式和支付时间等。
• 保留证据：在借款过程中，应保留好相关证据，如借款合同、转账记录、沟通记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。

总结来说，借款合同中可以约定违约金为千分之三，但需注意该约定的合理性和可能受到的法院调整。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。