结论：针对别人侵占了自己的小产权房这一情况，您确实可以起诉，但需注意小产权房的特殊性质可能影响诉讼结果和执行难度。以下从多个角度为您详细分析：
一、小产权房的法律性质
小产权房通常指的是在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，因此也被称为“乡产权房”。由于小产权房并未获得国家法律认可的完整产权，其买卖、转让等行为在法律上存在争议，但这并不意味着小产权房不受任何法律保护。在物权法领域，即使是小产权房，其占有、使用等权益也受到一定程度的保护。
二、起诉的法律依据
物权保护：根据《中华人民共和国民法典》中关于物权保护的规定，物权受到侵害的，权利人可以依法请求返还原物、排除妨害、消除危险等。因此，如果别人侵占了您的小产权房，您有权基于物权保护的原则提起诉讼。
侵权责任：如果侵占行为构成了侵权，您还可以依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，要求侵占者承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。
三、诉讼的难点与风险
产权证明问题：由于小产权房的产权证明不是由国家房管部门颁发，因此在诉讼中可能面临产权证明效力的问题。法院在审理此类案件时，可能会要求您提供其他证据来证明您对房屋的合法占有或使用权。
执行难度：即使您赢得了诉讼，由于小产权房的特殊性质，执行过程中也可能面临诸多困难。例如，如果房屋建在农村集体土地上，且未获得相关规划许可，法院可能无法直接强制执行过户或返还房屋。
政策风险：小产权房的处理往往受到当地政策的影响。不同地区对小产权房的态度和处理方式可能存在差异，因此诉讼结果也可能因地区政策而异。
四、建议与策略
收集证据：在提起诉讼前，务必收集充分的证据来证明您对房屋的合法占有或使用权。这可能包括购房合同、付款凭证、居住证明等。
咨询专业律师：由于小产权房案件的复杂性，建议您在提起诉讼前咨询专业律师，了解当地政策、法律适用及诉讼风险等情况。
考虑和解或调解：在诉讼过程中，如果双方能够达成和解或调解协议，可能是一种更为高效、经济的解决方式。您可以考虑与侵占者进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
最后，虽然小产权房的特殊性质给诉讼带来了一定的难度和风险，但您仍然有权基于物权保护和侵权责任的原则提起诉讼。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。