小产权房屋租赁纠纷是可以起诉的。只要符合起诉条件，法院一般会予以立案审理。不过，由于小产权房的特殊性，处理结果可能会因地区司法实践和小产权房的具体情况而有所不同。下面我将从多个角度为你详细分析：

一、小产权房租赁纠纷的可诉性

小产权房虽然在产权性质上与普通商品房存在差异，且其建设和交易可能未完全遵循法定程序，但这并不妨碍法院对涉及小产权房租赁纠纷的受理。根据《民事诉讼法》的相关规定，只要满足起诉条件，即原告与案件有直接利害关系、有明确被告、有具体诉讼请求和事实理由、属于法院受理范围和管辖，法院就应当受理立案。小产权房租赁纠纷作为平等主体间的民事争议，自然也不例外。

二、起诉条件

1. 原告资格：原告必须是与本案有直接利害关系的公民、法人或其他组织。在小产权房租赁纠纷中，通常指租赁合同的当事人，如房东或租客。
2. 被告明确：被起诉的一方身份必须明确，以便法院进行送达和审理。例如，如果纠纷是与房东之间发生的，那么房东就是明确的被告。
3. 诉讼请求和事实理由：原告需提出具体的诉讼请求，如要求支付租金、解除租赁合同、赔偿损失等，并陈述相关的事实和理由，以支持其主张。例如，租客可能因房东未履行维修义务而要求解除合同并赔偿损失。
4. 法院管辖：纠纷应属于人民法院受理民事诉讼的范围，并由具有管辖权的法院受理。根据《民事诉讼法》的规定，房屋租赁纠纷由不动产所在地的基层人民法院管辖。

三、法院立案登记制

根据《最高人民法院关于人民法院登记立案若干问题的规定》，人民法院对依法应当受理的一审民事起诉实行立案登记制。这意味着，只要原告的起诉符合法律规定，法院就应当当场予以登记立案。对于不符合规定的起诉，法院也应予以释明，指导原告进行补正或说明不予立案的理由。

四、小产权房租赁纠纷的特殊性

尽管小产权房租赁纠纷在法律上具有可诉性，但由于小产权房本身的合法性存在争议，且相关法律法规对其租赁行为的规定并不明确，因此不同地区的法院在处理此类纠纷时可能会有所差异。有些法院可能会积极受理并进行审理，而有些法院则可能会以小产权房的合法性问题为由而持谨慎态度。

五、租赁合同效力与责任判定

在审理小产权房租赁纠纷时，法院会依据相关法律法规和具体案件事实，对租赁协议的效力进行认定。如果租赁合同有效，法院将按照合同约定判决双方的权利义务；如果租赁合同无效（如因严重违法建设导致），法院将根据无效合同的相关规定，对双方因该合同取得的财产进行处理，如返还财产、折价补偿等，并根据双方的过错程度判定各自应承担的责任。

六、实际操作建议

1. 收集证据：在起诉前，务必收集充分的证据材料，如房屋租赁合同、租金支付凭证、沟通记录（如短信、微信记录）、通话录音、现场照片或视频等，以支持自己的主张。
2. 咨询律师：由于小产权房租赁纠纷的复杂性和专业性，建议在起诉前向我咨询，以获取更准确的法律意见和指导。我可以帮助你分析案情、评估诉讼风险、制定诉讼策略，并提供专业的法律服务。
3. 关注诉讼时效：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。因此，在权利受到损害之日起三年内，务必向法院提起诉讼，以免面临败诉风险。

综上所述，小产权房屋租赁纠纷是可以起诉的，但具体处理结果可能因地区司法实践和小产权房的具体情况而有所不同。如果你遇到此类纠纷，欢迎随时向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。