小产权房屋纠纷是可以起诉的。以下从几个角度为你详细分析：
法律背景与依据
小产权房，通常指的是在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关证件，也未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，亦称“乡产权房”。尽管小产权房的产权存在瑕疵，但并不意味着因此产生的纠纷就无法通过法律途径解决。根据《民事诉讼法》的相关规定，只要纠纷属于人民法院受理民事诉讼的范围，且原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织，有明确的被告，有具体的诉讼请求和事实、理由，那么就可以向人民法院提起诉讼。
纠纷类型与起诉可能性
合同纠纷：如果小产权房的买卖双方签订了买卖合同，但因合同效力、履行等问题产生纠纷，如卖方反悔不愿出售、买方支付房款后卖方未交付房屋等，买方或卖方都可以依据合同向法院提起诉讼，要求确认合同效力、继续履行合同、赔偿损失等。
侵权纠纷：如果小产权房的居住者或所有者认为其权益受到了侵害，如邻居的侵权行为（如噪音、污染等）、第三方的非法侵占等，也可以向法院提起侵权诉讼，要求侵权方停止侵害、赔偿损失等。
其他纠纷：除了合同纠纷和侵权纠纷外，小产权房还可能涉及其他类型的纠纷，如继承纠纷、共有物分割纠纷等。这些纠纷同样可以通过法律途径解决，向法院提起相应的诉讼。
起诉的注意事项
证据收集：在起诉前，需要收集充分的证据来支持自己的诉讼请求。这包括但不限于买卖合同、付款凭证、房屋现状照片、侵权行为的证据等。
法律程序：起诉需要遵循一定的法律程序，包括撰写起诉状、提交证据、参加庭审等。如果对这些程序不熟悉，可以寻求专业律师的帮助。
诉讼风险：虽然小产权房屋纠纷可以起诉，但并不意味着一定能胜诉。法院会根据双方提供的证据和法律规定来作出判决。因此，在起诉前需要评估诉讼风险，做好充分的准备。
可能的法律后果
如果法院认定你的诉讼请求有事实和法律依据，那么可能会判决对方承担相应的法律责任，如继续履行合同、赔偿损失等。但如果法院认为你的诉讼请求缺乏事实和法律依据，或者存在其他法定驳回情形，那么可能会驳回你的诉讼请求。
总结与建议：小产权房屋纠纷是可以起诉的，但需要根据具体情况选择合适的诉讼类型和策略。在起诉前，建议咨询专业律师，了解相关法律规定和诉讼程序，做好充分的准备。如果你有小产权房屋纠纷方面的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。