小产权房侵权超过三年仍然可以起诉。不过，需要注意的是，虽然超过诉讼时效你仍有起诉权，但如果对方在诉讼中以时效抗辩，且法院查无中止、中断等时效情形，可能会驳回你的诉求。因此，在考虑起诉时，你需要综合考虑诉讼风险。

以下是对这一问题的详细分析：

1. 诉讼时效的法律规定：

   • 根据相关法律规定，民事诉讼时效通常为三年，从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

2. 超过诉讼时效的起诉权：

   • 即使超过了三年的诉讼时效，你仍然具有起诉权。法院会受理你的案件，并进行审理。

3. 对方时效抗辩的可能性：

   • 如果对方在诉讼中提出时效抗辩，即认为你的起诉已经超过了诉讼时效，法院将会审查是否存在时效中止、中断等情形。
   • 如果法院查无此类情况，且对方坚持时效抗辩，那么法院可能会驳回你的诉求。

4. 诉讼风险的考虑：

   • 在决定起诉前，你需要综合考虑诉讼风险，包括证据是否充分、对方是否可能提出时效抗辩、法院可能的判决结果等。
   • 如果诉讼风险较高，你可能需要寻求专业律师的帮助，以制定更合适的诉讼策略。

综上所述，小产权房侵权超过三年仍然可以起诉，但你需要充分考虑诉讼风险，并准备充分的证据来支持你的主张。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。