结论：购买小产权房两年后是否可起诉卖家，不能一概而论，需根据具体情况判断，如合同效力、卖家违约行为、是否存在欺诈或隐瞒等情形。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同效力角度
- 合同无效情形：
- 小产权房通常指在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，亦称“乡产权房”。根据相关法律规定，在集体土地上未经合法审批建造的房屋，其买卖合同可能因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效。
- 若合同无效：根据《民法典》的规定，合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。因此，如果购买小产权房的合同被认定无效，你作为买方，有权起诉卖家要求返还购房款，并可能要求卖家赔偿因合同无效给你造成的损失，如利息损失、装修费用等，此时不受两年时间的限制，只要合同被确认无效，你就可以在合理期限内主张权利。
- 合同有效情形：
- 在某些特殊情况下，如小产权房所在集体经济组织同意转让，且符合当地政策规定等，小产权房的买卖合同可能被认定为有效。
- 若合同有效：如果卖家存在违约行为，如未按约定交付房屋、未协助办理相关手续等，你作为买方有权根据合同约定和法律规定起诉卖家要求其承担违约责任，如继续履行合同、支付违约金、赔偿损失等。在这种情况下，诉讼时效一般为三年，自你知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。如果购买小产权房两年后你才发现卖家存在违约行为，且未超过诉讼时效，那么你可以起诉卖家。
二、卖家欺诈或隐瞒角度
- 如果卖家存在欺诈或隐瞒重要事实的行为：
- 例如卖家明知小产权房存在产权纠纷、无法办理合法产权证书等情况，却故意隐瞒不告知你，导致你作出错误的购买决定。在这种情况下，你作为受欺诈方，有权自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内请求人民法院或者仲裁机构撤销该买卖合同。
- 合同被撤销后：卖家应当返还你已支付的购房款，并赔偿你因此遭受的损失。如果购买小产权房两年后你才发现卖家存在欺诈或隐瞒行为，且未超过撤销权的行使期限（一年），那么你可以起诉卖家要求撤销合同并赔偿损失。
三、其他特殊情况
- 如果小产权房因政策变化等原因面临拆迁或征收：
- 卖家可能为了获取更多的拆迁补偿利益而拒绝履行合同义务，如拒绝交付房屋、拒绝配合办理相关手续等。在这种情况下，你可以根据合同约定和法律规定起诉卖家要求其承担违约责任或继续履行合同。
- 如果双方在合同中约定了特定的争议解决方式或期限：
- 如约定了仲裁条款或特定的诉讼时效起算点等，那么你需要按照合同约定来行使权利。如果合同约定的期限尚未届满，即使购买小产权房已经超过两年，你仍然可以起诉卖家。
建议：购买小产权房存在较大的法律风险，在购买前应充分了解相关法律法规和政策规定，谨慎决策。如果已经购买了小产权房并遇到纠纷，建议你及时收集相关证据，如购房合同、付款凭证、沟通记录等，并咨询专业律师（即向我咨询），以便更好地维护自己的合法权益。