结论：商标侵权超过三年仍然可以起诉，但具体能否胜诉以及获得何种救济，需视具体情况而定。
详细分析：
诉讼时效的基本规定：
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于商标侵权纠纷。因此，从权利人知道或者应当知道其商标权利受到损害以及义务人之日起三年内，权利人可以提起诉讼，其权利将受到法律的保护。
超过诉讼时效期间的后果：
- 起诉权：即使超过了三年的诉讼时效期间，权利人仍然有权向法院提起诉讼，法院也会受理该案件。
- 胜诉权：然而，如果对方当事人以诉讼时效期间届满为由进行抗辩，并且法院查明不存在诉讼时效中止、中断或延长的事由，那么权利人可能会丧失胜诉权。这意味着，尽管案件被受理，但权利人可能无法通过诉讼获得法律强制力的保护，即无法要求被告承担侵权责任。
商标侵权的特殊性：
- 持续性侵权：如果商标注册人或者利害关系人超过三年提起诉讼，但在起诉时侵权行为仍在持续，并且该注册商标专用权仍在有效期限内，人民法院应当判决被告停止侵权行为。此外，侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算三年计算。这一规定确保了即使在超过常规诉讼时效后，只要侵权行为仍在持续，权利人仍然有机会获得法律救济。
- 特殊情形下的时效变化：在诉讼时效期间内，如果权利人向义务人提出了履行请求，或者义务人表示同意履行相关义务，这些都可能引发诉讼时效的中断或重新开始计算。
法律建议：
- 及时收集证据：无论是否超过诉讼时效期间，权利人都应及时收集并保存相关证据。这些证据对于证明侵权行为的存在、确定赔偿数额以及支持权利人的主张都至关重要。
- 咨询专业律师：在处理商标侵权纠纷时，由于涉及复杂的法律问题和程序，建议权利人及时向我咨询，以便获取个性化的法律建议和帮助，确保诉讼的成功。
举例说明：
假设某商标注册人在2020年1月1日发现其商标被侵权，但直到2024年1月2日才提起诉讼。此时，如果侵权行为仍在持续，并且该注册商标专用权仍在有效期限内，那么法院仍然会受理该案件，并判决被告停止侵权行为。然而，在计算侵权损害赔偿数额时，法院会从权利人起诉之日（即2024年1月2日）向前推算三年（即至2021年1月2日）进行计算。
总结与进一步思考：
商标侵权超过三年仍然可以起诉，但权利人需注意诉讼时效期间以及可能面临的抗辩。为了确保诉讼的成功和获得充分的法律救济，权利人应及时收集证据并咨询专业律师。如果你有任何关于商标侵权的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。