商标侵权三年后才被起诉，诉讼仍然是有效的。这主要基于以下几点法律分析：

1. 诉讼时效的基本规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，在一般情况下，如果权利人在知道或应当知道其权利受到侵害之日起三年内未提起诉讼，可能会面临诉讼时效届满的风险。然而，在商标侵权案件中，这一规定并非绝对。

2. 商标侵权的特殊规定：

   • 商标侵权案件有其特殊性，因为侵权行为可能持续存在，且权利人可能因各种原因（如正在收集证据、协商解决等）而未及时提起诉讼。因此，即使侵权行为已经发生超过三年，只要权利人能够证明侵权行为仍在继续，或者能够证明在诉讼时效期间内因不可抗力或其他正当理由而未能提起诉讼，其诉讼权利仍然受到保护。

3. 诉讼时效的中断与延长：

   • 在商标侵权案件中，如果权利人在诉讼时效期间内向侵权人提出了权利主张（如发送律师函、提起仲裁等），或者侵权人承认了侵权行为，这可能导致诉讼时效的中断。中断后，诉讼时效期间将重新计算。
   • 此外，如果存在特殊情况（如权利人因疾病、战争等不可抗力因素无法行使权利），权利人还可以向人民法院申请延长诉讼时效期间。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在司法实践中，法院会根据具体情况来判断商标侵权案件的诉讼时效问题。如果权利人能够提供充分的证据证明其权利受到侵害，并且侵权行为仍在继续或存在诉讼时效中断、延长的情形，法院通常会受理并审理此类案件。

法律建议：

• 如果您是商标权利人，发现自己的商标被侵权，即使已经超过三年，也建议您及时咨询专业律师，评估案件情况并考虑提起诉讼。在准备诉讼时，务必收集并保存好相关证据，以证明侵权行为的存在、持续以及您的损失情况。
• 如果您是涉嫌商标侵权的被告方，面对权利人的起诉，也应及时咨询律师，了解自己的法律权益和可能的抗辩理由。例如，您可以考虑提出诉讼时效届满的抗辩，但需注意这需要您提供充分的证据来证明权利人未在诉讼时效期间内提起诉讼且不存在中断、延长的情形。

总之，商标侵权三年后才被起诉，诉讼仍然是有效的，但具体结果还需根据案件情况和法院的判断来确定。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。