网店已经注销了3年被起诉商标侵权，该起诉仍然有效。下面我从几个方面来详细解释这个问题：

1. 侵权责任的持续性：

   • 网店的注销只是在工商登记等层面的终止，但侵权行为的法律责任并不会因网店注销而消失。如果网店在经营期间存在侵犯他人商标权的行为，那么即使网店已经注销，被侵权方在发现侵权行为后的诉讼时效内，仍然有权向法院提起诉讼，要求侵权方承担相应的法律责任。

2. 诉讼时效的规定：

   • 根据相关法律规定，商标侵权的诉讼时效通常为三年，从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及侵权人之日起计算。因此，如果网店注销后三年内，被侵权方发现了侵权行为并提起了诉讼，那么该起诉是有效的。

3. 侵权责任的承担：

   • 如果网店在经营期间实施了商标侵权行为，即便店铺关闭，侵权人（如网店经营者）仍然需要承担停止侵害、赔偿损失等责任。赔偿数额一般按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。

4. 法律建议：

   • 对于网店经营者来说，在经营过程中应严格遵守法律法规，避免侵权行为的发生。一旦发生侵权，应及时与被侵权方协商解决，避免纠纷扩大。同时，在网店注销前，应妥善处理好可能存在的侵权问题，以减少后续可能的法律风险。
   • 对于被侵权方来说，应及时关注侵权行为，在诉讼时效内提起诉讼，维护自身合法权益。如果网店已经注销，但发现了之前的侵权行为，仍然有权向法院提起诉讼，要求侵权方承担相应的法律责任。

综上所述，网店已经注销了3年被起诉商标侵权，该起诉仍然有效。因为侵权责任的持续性、诉讼时效的规定以及侵权责任的承担等因素都决定了被侵权方有权在诉讼时效内向法院提起诉讼，要求侵权方承担相应的法律责任。