结论：正常上班工资被扣1000元是否合理，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法性角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了工资构成、扣款条件及标准，且此次扣款符合合同约定，那么扣款可能是合法的。例如，合同中约定因员工迟到、早退或违反公司规章制度等行为，公司有权扣除一定比例的工资作为惩罚，且扣除的金额不超过法定限额。
法律法规限制：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得无故克扣劳动者工资。若扣款原因不符合法律规定（如非因劳动者本人原因造成公司损失而扣款、扣款比例超过法定标准等），则扣款行为可能违法。
- 具体来说，如果扣款是因为劳动者给用人单位造成了经济损失，且用人单位能够证明损失的存在以及损失与劳动者行为之间的因果关系，那么用人单位可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
二、合理性角度
扣款原因：
- 扣款是否合理，首先要看扣款的原因。如果是因为劳动者违反了公司规章制度或劳动合同中的约定，且该规定或约定本身合理合法，那么扣款可能是合理的。
- 如果扣款原因与劳动者的工作表现或行为无关，或者是因为公司经营状况不佳等外部因素导致的，那么扣款可能缺乏合理性。
扣款金额：
- 即使扣款原因合法合理，扣款金额也需要控制在一定范围内。如果扣款金额过高，超出了劳动者能够承受的范围，或者与劳动者的过错程度不成比例，那么扣款可能被视为不合理。
三、建议与行动
核实扣款原因：
- 首先，建议您核实公司扣款的具体原因，并查看劳动合同中是否有相关约定。如果合同中没有约定或约定不明确，您可以与公司沟通了解扣款的具体依据。
与公司协商：
- 如果您认为扣款不合理或违法，可以与公司进行协商，要求公司说明扣款的具体原因和依据，并尝试达成和解。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在此过程中，建议您保留好相关证据（如工资条、劳动合同、公司规章制度等），以便在需要时提供证明。
举例说明：假设您因一次轻微的迟到被公司扣除了1000元工资，而劳动合同中并未明确规定迟到的具体扣款标准，且公司规章制度中也没有相关条款。在这种情况下，扣款可能缺乏合理性和合法性依据，您可以与公司协商要求退还部分或全部扣款，或者向劳动监察部门投诉申请劳动仲裁。
总结：正常上班工资被扣1000元是否合理，需结合劳动合同约定、法律法规限制以及扣款原因和金额等多方面因素进行综合判断。如果您对此有疑问或认为扣款不合理，建议及时与公司沟通并寻求法律援助。如有任何法律问题，都可以直接向我咨询。