针对“股东的另一家公司经过双方同意拿走货物”这一情况，处理方式需结合具体法律关系和操作细节来分析，以下是详细说明：

1. 明确法律关系性质
   首先需判断该行为属于公司间正常交易还是股东滥用权利损害公司利益。若双方已签订书面合同（如买卖合同、委托加工合同等），且价格、交付方式等条款符合市场公允标准，则属于合法交易，按合同约定履行即可。但若存在以下情形，可能涉嫌违法：

   • 货物转移未经过公司股东会/董事会决议（尤其涉及关联交易时）；
     
   • 货物价值明显偏离市场价（如无偿转移或低价转让）；
     
   • 拿货方未支付对价，导致原公司资产减少，损害其他股东或债权人利益。
     

2. 操作层面的合规建议

   • 书面协议优先：无论关系多熟悉，均需签订书面合同，明确货物名称、数量、价格、交付时间、违约责任等条款，避免口头约定引发纠纷。
     
   • 履行内部决策程序：若原公司为有限责任公司或股份有限公司，涉及关联交易时，需按《公司法》规定履行披露义务（如提前通知其他股东、回避表决等），避免程序瑕疵导致合同效力争议。
     
   • 财务处理规范：货物转移需在原公司账目中如实记录，并开具合法发票（如涉及增值税应税项目），避免税务风险。
     

3. 风险防范措施

   • 若担心股东利用关联交易损害公司利益，可在公司章程中约定关联交易限制条款（如需经非关联股东一致同意、设置独立董事审核等）。
     
   • 定期审计公司财务，关注货物转移后的资金流向，确保对价已实际支付。
     
   • 若发现股东存在恶意转移资产行为，可依据《公司法》第21条（股东滥用权利赔偿）、第151条（股东代表诉讼）等条款主张权利。
     

总结：双方同意的货物转移行为本身不违法，但需确保程序合规、对价公允、财务透明。若涉及复杂交易结构或存在利益冲突，建议提前制定书面协议并履行内部决策程序，以降低法律风险。如有具体操作细节需进一步分析，可随时向我咨询。