针对您提出的问题，合作股东将公司财物占为己有后又起诉公司要货款，这是一个涉及公司内部纠纷和法律问题的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答和建议：

一、问题性质分析

1. 股东侵占公司财物：

   • 这可能构成职务侵占罪，尤其是当侵占数额达到一定程度时。
   • 民事上，公司有权要求股东返还财物并赔偿损失。

2. 股东起诉公司要货款：

   • 这表明股东可能认为公司欠其货款，但实际情况可能并非如此，或者货款金额存在争议。
   • 公司需要审查与股东之间的交易记录和合同，以确认是否存在未结清的货款。

二、处理步骤和建议

1. 内部协商：

   • 首先，尝试与股东进行内部协商，了解其侵占公司财物的具体原因和动机，以及其对货款的主张。
   • 通过协商，尝试达成一个双方都能接受的解决方案，如股东返还侵占的财物，公司支付（如果确实存在）无争议的货款。

2. 收集证据：

   • 无论协商结果如何，公司都应收集相关证据，包括财务账目、交易记录、合同、聊天记录等。
   • 这些证据在后续的法律程序中至关重要，无论是民事诉讼还是刑事报案。

3. 法律途径：

   • 民事诉讼：如果协商不成，公司可以向法院提起民事诉讼，要求股东返还侵占的财物并赔偿损失。同时，如果股东确实起诉了公司要求货款，公司也可以在诉讼中提出反诉或抗辩。
   • 刑事报案：如果侵占数额达到职务侵占罪的立案标准，公司可以向公安机关报案。公安机关会进行立案侦查，并可能将案件移送检察院审查起诉。最终，法院会根据事实和法律对股东进行定罪量刑。

4. 确定管辖法院和案由：

   • 根据股东住所地、公司注册地或合同约定等因素确定管辖法院。
   • 案由可能包括“合伙协议纠纷”、“侵占财产纠纷”或“职务侵占罪”等。

5. 撰写并提交起诉状或报案材料：

   • 根据选择的法律途径，撰写详细的起诉状或报案材料，并附上相关证据。
   • 提交给有管辖权的法院或公安机关。

6. 参与庭审或配合调查：

   • 如果案件进入庭审阶段，公司需要派代表出庭，陈述事实、提供证据并进行质证。
   • 如果案件涉及刑事调查，公司需要配合公安机关的调查工作。

7. 执行判决或裁定：

   • 如果法院作出有利于公司的判决或裁定，公司需要关注判决或裁定的执行情况。
   • 如果股东未履行判决或裁定确定的义务，公司可以向法院申请强制执行。

三、额外建议

1. 咨询专业律师：

   • 在处理此类复杂案件时，咨询专业律师是非常重要的。律师可以提供更具体的法律建议，帮助公司制定有效的诉讼策略。

2. 加强公司内部管理：

   • 为了避免类似事件的再次发生，公司应加强内部管理，完善财务制度和监督机制。
   • 定期对股东和员工进行法律培训，提高他们的法律意识和职业道德水平。

综上所述，处理合作股东将公司财物占为己有后又起诉公司要货款的问题需要综合考虑民事和刑事两方面的法律途径。公司应收集相关证据，通过内部协商和法律途径来维护自身的合法权益。同时，加强公司内部管理也是预防类似事件再次发生的重要措施。