若合作的公司将货款侵占了，您可以通过协商、民事诉讼、刑事控告（若构成犯罪）等途径来维护自身权益，以下展开说明：
- 协商解决
- 首先尝试与侵占货款的公司进行友好协商，明确指出其侵占货款的行为违反了双方的合作约定以及可能涉及的法律责任，要求其立即归还货款。在协商过程中，要注意保留好沟通记录，如聊天记录、邮件往来等，这些证据在后续可能的法律程序中可能会起到重要作用。
- 协商的优势在于成本较低、效率较高，如果对方能够认识到错误并积极配合归还货款，那么问题可以得到快速解决。但如果对方态度强硬，拒绝归还，那么就需要考虑采取其他法律手段。
- 民事诉讼
- 如果协商无果，您可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在起诉前，需要收集充分的证据来证明对方侵占货款的事实，例如合作合同、货款支付凭证、对方侵占货款的相关证据（如对方承认侵占的录音、书面材料等）。
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，对方侵占货款的行为构成违约，您有权要求其返还货款，并可以要求对方承担因违约给您造成的损失，如利息损失、因追讨货款而产生的合理费用（如律师费、差旅费等）。
- 民事诉讼的流程一般包括起诉、受理、审理、判决和执行等阶段。在诉讼过程中，要积极配合法院的工作，按照法院的要求提供证据和参加庭审等活动。如果法院判决对方返还货款，但对方仍不履行判决义务，您可以向法院申请强制执行，法院可以通过查封、扣押、冻结对方的财产等措施来强制对方履行判决。
- 刑事控告（若构成犯罪）
- 如果对方侵占货款的行为情节严重，涉嫌构成侵占罪或职务侵占罪等犯罪行为，您可以向公安机关报案，要求追究对方的刑事责任。
- 侵占罪是指以非法占有为目的，将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的行为；职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
- 在报案时，需要向公安机关提供详细的证据材料，以证明对方的行为符合犯罪的构成要件。公安机关会对报案进行审查，如果认为有犯罪事实发生，需要追究刑事责任，会立案侦查。如果案件最终经法院审理认定对方构成犯罪，对方不仅要承担刑事责任，您还可以通过刑事附带民事诉讼的方式要求对方返还货款并赔偿损失。
在处理此类问题时，每个案件的具体情况都有所不同，证据的收集和法律程序的适用也会有所差异。如果您在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。