针对双方公司员工合作挪用货款的问题，这是一个涉及法律、公司管理和员工纪律的复杂情况。以下是我为您提供的详细、有深度的解答：
一、初步应对措施
立即调查并固定证据：
- 一旦发现货款被挪用，公司应立即组织内部调查，查明事实真相。
- 固定相关证据，如货款进出账目、员工挪用的相关记录、聊天记录、邮件往来等，确保证据的真实性和完整性。
与涉事员工沟通：
- 在掌握初步证据后，可与涉事员工进行面对面沟通，了解其挪用货款的原因、金额及用途。
- 要求涉事员工限期归还挪用的货款，并说明可能的法律后果。
二、法律途径
向公安机关报案：
- 如果涉事员工拒不归还货款或挪用金额较大，公司应及时向当地公安机关报案，由公安机关进行立案侦查。
- 挪用货款可能涉嫌职务侵占罪或挪用资金罪，具体罪名和量刑标准需根据挪用金额、用途及归还时间等因素确定。
提起民事诉讼：
- 在刑事诉讼过程中，公司可通过附带民事诉讼要求涉事员工返还挪用的货款及相应利息等损失。
- 如果公安机关未予立案或公司希望单独处理民事部分，也可直接向法院提起民事诉讼，要求涉事员工承担民事赔偿责任。
三、内部管理
纪律处分：
- 根据公司内部规章制度，对涉事员工进行相应的纪律处分，如解除劳动合同、罚款、降级等。
- 处分决定应书面通知员工，并说明处分的依据和理由。
加强内部控制：
- 对公司财务管理制度进行全面审查，加强货款收支的监管和审核。
- 定期对员工进行法律教育和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业道德水平。
预防机制：
- 建立货款收支的定期审计制度，确保货款的合法、合规使用。
- 设立举报渠道，鼓励员工积极举报违法违规行为。
四、后续跟进
关注案件进展：
- 与公安机关保持密切联系，及时了解案件的侦查进展和结果。
- 如果涉及民事诉讼，积极参与庭审过程，争取公司的合法权益。
总结教训：
- 对此次事件进行深入总结，分析挪用货款的原因和漏洞。
- 针对存在的问题，制定改进措施和完善内部管理制度。
综上所述，处理双方公司员工合作挪用货款的问题需要综合运用法律、管理和预防等多种手段。公司应依法维护自身权益，同时加强内部管理，预防类似事件的再次发生。