当公司侵占工程款时，这确实是一个需要严肃对待并妥善处理的问题。为了维护您的合法权益，以下是一个清晰、详细且具有深度的处理流程指南：
一、收集充分证据
合同文件：首先，您需要收集所有与工程款相关的合同文件，包括但不限于挂靠协议、工程合同等。这些文件是证明您与被挂靠公司之间关系以及工程款支付条款的重要依据。
施工资料：整理并保存所有与工程建设相关的施工资料，如施工图纸、施工日志、验收报告等。这些资料能够证明您实际参与了工程建设并投入了相应的资源。
工程款往来凭证：收集所有与工程款支付相关的银行转账记录、收据、发票以及沟通记录等。这些凭证能够清晰地展示款项的流动情况以及您与被挂靠公司之间的沟通历史。
二、初步协商与沟通
与被挂靠公司沟通：在收集了充分证据后，您可以尝试与被挂靠公司进行沟通，指出其侵占工程款的行为违反了双方之间的约定以及相关法律法规，并要求其立即返还工程款。
保留沟通记录：在沟通过程中，务必保留好所有的沟通记录，包括电话录音、短信、邮件等。这些记录将作为后续法律程序中的重要证据。
三、寻求发包方协助
如果与被挂靠公司的沟通无果，您可以考虑向发包方说明情况，并请求其协助解决或监督支付。发包方作为工程的委托方，通常对工程款的支付负有一定的责任和义务。
四、采取法律手段
发送律师函：如果协商和寻求协助均未能解决问题，您可以考虑委托律师向被挂靠公司发送律师函。律师函是一种正式的书面通知，能够表明您已经采取了法律手段来维护自己的权益，并对被挂靠公司产生一定的威慑作用。
提起诉讼：如果律师函也未能促使被挂靠公司返还工程款，那么您可以考虑向法院提起诉讼。在提起诉讼前，您需要确定管辖法院（通常为由工程所在地人民法院管辖），并撰写起诉状详细陈述事实、明确提出诉讼请求。在诉讼过程中，您需要提交证据、阐述观点，并反驳被挂靠公司的抗辩。如果胜诉，您可以申请强制执行以实现自己的合法权益。
五、向监管部门投诉
除了采取法律手段外，您还可以考虑向建设行政主管部门或工商行政管理部门投诉被挂靠公司的侵占行为。这些部门有权对违法行为进行调查处理，并可能给予相应的行政处罚。
六、加强合同管理与预防措施
为了避免类似事件再次发生，您需要加强合同管理，确保与合作伙伴之间的合作关系明确合法。在签订合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于工程款支付、违约责任等方面的内容。此外，您还可以咨询专业律师或法律顾问，了解自己的权益和应对策略，以便在遇到问题时能够迅速作出反应。
法律依据：
在处理此类问题时，您可以依据《中华人民共和国民法典》中关于合同订立、履行、违约责任的规定来维护自己的权益。同时，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》也提供了保护实际施工人权益的相关规定，您可以在必要时引用这些法律依据来支持自己的主张。
总之，面对公司侵占工程款的问题，您需要冷静应对、收集证据、尝试协商、寻求协助、采取法律手段并加强合同管理。希望这些建议能够帮助您妥善解决问题并维护自己的合法权益。