在工程纠纷中，若甲方同时存在公司和个人两个主体，确定被告需结合具体法律关系和证据情况综合判断，以下是具体分析：

1. 优先以公司为被告
   若工程合同系以公司名义签订（如合同抬头、盖章均为公司），且工程款支付、项目对接等实际履行行为均由公司完成，则公司作为合同相对方是首要被告。此时需重点收集：

   • 合同原件（需显示公司公章或合同专用章）；
     
   • 公司付款凭证（如银行转账记录显示公司账户付款）；
     
   • 公司授权个人签署合同的委托书（如有）。
     

2. 个人需作为共同被告的情形
   若个人存在以下行为之一，可将其列为共同被告：

   • 实际参与合同履行：如个人直接支付工程款、签署验收单、现场管理工程等，需提供转账记录、签字文件等证据；
     
   • 财产混同：若公司账户与个人账户资金往来频繁，或公司财产与个人财产无法区分（如用个人账户收取工程款），可主张“刺破公司面纱”，要求个人承担连带责任；
     
   • 恶意转移财产：若公司为逃避债务，将资产无偿或低价转让给个人，可同时起诉个人要求撤销转让行为。
     

3. 特殊情形：表见代理
   若个人以公司名义签订合同，但未获公司授权，但相对方（如施工方）有理由相信其有代理权（如持有公司公章、长期以公司名义对接业务），可主张表见代理，要求公司承担责任，同时可追加个人为第三人查明事实。

行动建议：

• 立即整理所有与甲方往来的文件（合同、付款记录、沟通记录等），标注公司和个人分别参与的环节；
  
• 若发现个人财产与公司混同的线索（如个人账户收付款），申请法院调取银行流水；
  
• 起诉时可将公司和个人列为共同被告，避免遗漏责任主体。
  

如有具体证据或案件细节，可进一步向我说明，我会帮你分析被告确定的合理性及诉讼策略。