在面临与公司纠纷且不确定被告主体的情况下，首先需要明确的是，确定被告的关键在于理清各公司之间的法律关系以及纠纷的具体事实。以下是从不同角度为你提供的分析和建议：
一、公司间法律关系的梳理
关联关系：
- 如果另外两个公司与纠纷公司存在关联关系，如母子公司、兄弟公司等，这并不意味着它们必然要成为共同被告。需要进一步分析它们在纠纷中的具体角色和责任。
- 例如，如果纠纷是由母公司的决策导致的，而子公司只是执行了该决策，那么子公司可能不是必要的被告。但如果子公司也直接参与了纠纷行为，那么它可能需要被列为共同被告。
独立法人地位：
- 每个公司都是独立的法人实体，拥有独立的法律地位和责任。因此，不能仅凭它们之间的关联关系就随意将它们列为共同被告。
- 需要仔细审查各公司的营业执照、公司章程等文件，以确定它们的法律地位和相互关系。
二、纠纷事实的调查
合同关系：
- 如果纠纷是基于合同产生的，那么需要仔细审查合同条款，确定合同双方以及各自的权利和义务。
- 如果合同中明确约定了纠纷解决方式或责任承担方式，那么这将直接影响被告的确定。
侵权行为：
- 如果纠纷是基于侵权行为产生的，那么需要确定侵权行为的实施者以及受害者。
- 在这种情况下，侵权行为的实施者通常需要被列为被告。如果多个公司共同实施了侵权行为，那么它们可能需要被列为共同被告。
三、确定被告的具体步骤
收集证据：
- 收集与纠纷相关的所有证据，包括合同、发票、邮件、聊天记录等。
- 这些证据将有助于你理清纠纷的事实和各公司的角色。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但基于你的身份，我会以更具体的方式表述）：
- 在收集了足够证据后，建议向我这样的专业律师咨询，我可以根据你的具体情况和证据，为你提供更具体的法律建议。
- 律师将帮助你分析各公司的法律责任，并确定哪些公司应该被列为被告。
起诉前的准备：
- 在确定了被告后，你需要准备起诉状和相关证据材料。
- 起诉状应明确列出被告的名称、住所、法定代表人等信息，并详细陈述纠纷的事实和理由。
四、特殊情况下的考虑
公司合并或分立：
- 如果纠纷公司在纠纷发生后进行了合并或分立，那么需要根据相关法律规定确定新的被告主体。
- 例如，如果公司合并了，那么合并后的公司应作为新的被告；如果公司分立了，那么可能需要根据分立协议或法律规定确定由哪个或哪些分立后的公司作为被告。
公司注销或吊销：
- 如果纠纷公司已经注销或被吊销营业执照，那么可能需要考虑其股东或清算义务人的责任。
- 在这种情况下，你可能需要将股东或清算义务人列为被告，并要求他们承担相应的法律责任。
总结来说，确定被告是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑公司间的法律关系、纠纷的具体事实以及相关法律法规的规定。如果你在这个过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。