结论：有特殊工种证件但档案未填写，是否算特殊工种，不能一概而论，需要分情况讨论。

分析：

1. 特殊工种认定的一般原则：

   • 特殊工种的认定通常基于工作性质、工作环境以及可能产生的职业危害等因素。这些因素需要在员工的个人档案中有明确的记录，以便在需要时进行核查和确认。
   • 特殊工种证件是证明员工具备从事特殊工种所需技能和知识的凭证，但它本身并不直接决定员工是否属于特殊工种。档案中的记录才是认定特殊工种的关键依据。

2. 档案未填写的情况：

   • 如果档案中确实没有相关记录：即使员工持有特殊工种证件，也可能因为档案缺失而无法被认定为特殊工种。这种情况下，员工可能需要通过其他途径来证明自己的工作性质和工作环境，比如提供工作证明、同事证言等。
   • 如果档案遗失或记录不全：员工可以尝试联系原工作单位或相关部门，寻求补办档案或补充记录的可能性。如果能够成功补办或补充，那么员工就有可能被重新认定为特殊工种。
   • 如果档案记录有误：员工可以向相关部门提出异议，并提供证据证明自己的实际工作情况。如果异议得到认可，档案记录将被更正，员工也有可能因此被认定为特殊工种。

3. 法律后果与建议：

   • 法律后果：如果员工因档案未填写而无法被认定为特殊工种，可能会影响到其享受特殊工种相关的福利待遇，如提前退休、特殊工种津贴等。
   • 建议：对于这种情况，我建议员工首先尝试与原工作单位或相关部门沟通，了解档案缺失或记录不全的具体原因，并寻求解决方案。如果沟通无果，员工可以考虑咨询专业律师，通过法律途径来维护自己的合法权益。

进一步思考：

• 员工在从事特殊工种时，应妥善保管好自己的相关证件和档案材料，以便在需要时能够提供充分的证明。
• 企业在管理员工档案时，也应尽到谨慎义务，确保档案的完整性和准确性。如果因企业原因导致员工档案缺失或记录不全，企业应承担相应的责任。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。