结论前置：公司要求员工上半个月休半个月，并不意味着员工的保底工资就必须扣一半，这主要取决于劳动合同的约定以及公司的规章制度是否合法合规。
详细分析：
劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同中应当明确约定工资支付方式、支付时间以及支付标准等关键条款。
- 如果劳动合同中明确规定了保底工资的数额，并且没有约定在特定工作安排下（如上半个月休半个月）可以扣减保底工资，那么公司无权单方面扣减员工的保底工资。
公司规章制度的合法性：
- 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，但其制定和实施必须遵守国家法律法规的规定，不得侵犯劳动者的合法权益。
- 如果公司规章制度中规定了在上半个月休半个月的情况下可以扣减保底工资，但这一规定与劳动合同的约定相冲突，或者违反了国家法律法规的强制性规定，那么这一规定是无效的，公司不能依据其扣减员工的保底工资。
实际工作情况与工资支付：
- 即使公司要求员工上半个月休半个月，但如果员工在这半个月内仍然提供了劳动（如通过远程工作、在家办公等方式），或者公司安排的工作量并未因休假而减少，那么公司应当按照劳动合同的约定支付全额保底工资。
- 如果公司确实因为业务调整、生产需要等原因安排员工上半个月休半个月，并且这一安排是合理且合法的，同时劳动合同或公司规章制度中也明确规定了在此情况下的工资支付方式（如按实际出勤天数计算工资），那么公司可以按照约定支付工资，但不一定非要扣减保底工资的一半。
法律建议：
- 审查劳动合同：员工应首先审查自己的劳动合同，了解其中关于工资支付、工作安排等关键条款的约定。
- 咨询公司人事部门：如果对公司的工作安排或工资支付有疑问，员工可以咨询公司的人事部门或相关负责人，了解公司的具体政策和规定。
- 寻求法律援助：如果员工认为公司的做法侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁。
可能后果：
- 如果公司未经员工同意单方面扣减保底工资，且这一做法违反了劳动合同的约定或国家法律法规的规定，员工有权要求公司补发工资，并可能因此引发劳动争议。
- 在极端情况下，如果公司长期、恶意地扣减员工工资，还可能面临劳动行政部门的处罚或员工的法律诉讼。
总结：公司要求员工上半个月休半个月并不直接导致保底工资扣减一半，关键在于劳动合同的约定以及公司规章制度的合法性。员工应了解自己的权益和公司的政策，必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。