员工生病手术请假，工资是否扣除及扣除方式需分情况讨论，具体如下：

1. 医疗期内的工资支付
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，企业应根据其实际工作年限和在本单位工作年限，给予3-24个月的医疗期。在医疗期内：
   

• 工资支付标准：企业需按不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资（具体比例可能因地区政策略有差异，例如上海规定为100%但不得低于最低工资标准）。
  
• 法律依据：《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条明确，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，且不得低于最低工资标准的80%。
  

1. 医疗期外的工资处理
   若员工医疗期满后仍需继续治疗或无法从事原工作，企业可依法解除劳动合同，但需支付经济补偿金。若员工继续请假但未被解除合同，企业可停发工资或按事假处理（需与员工协商一致）。
   

• 风险提示：企业单方面停发工资可能构成违法，需谨慎操作。
  

1. 特殊情形：医疗期与病假工资的地区差异
   

• 北京/上海：医疗期内工资按本人工资的60%-100%支付（具体比例与工龄挂钩）。
  
• 广东：病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，且不得低于企业平均工资的40%。
  
• 建议操作：企业应查阅当地工资支付条例或人社部门文件，确保合规。
  

实务建议：

• 完善病假制度：在劳动合同或规章制度中明确病假申请流程、医疗期计算方式及工资支付标准。
  
• 留存证据：要求员工提供医院诊断证明、病假建议书等材料，避免因证据不足引发纠纷。
  
• 协商沟通：若员工家庭困难，可协商分期支付工资或提供其他帮助，体现人文关怀。
  

如有进一步疑问（如医疗期计算、病假工资具体比例等），可直接向我咨询。