结论：安全文明施工费实际使用超过合同约定金额时，是否可以要求甲方补发，需根据具体情况判断，主要包括合同约定、实际使用合理性、双方协商及法律规定等因素。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度

• 合同有明确约定：如果建设工程合同中明确规定了安全文明施工费的支付方式、调整机制或超出部分的承担方式，那么应首先遵循合同约定。例如，合同可能约定“安全文明施工费按实际发生额结算，超出合同约定部分由甲方承担”或“超出部分由乙方自行承担”。在这种情况下，双方应按照合同条款执行。
• 合同无明确约定：若合同未对超出部分作出明确约定，则需结合其他因素综合判断。

2. 实际使用合理性角度

• 合理且必要：如果实际使用的安全文明施工费超出合同约定金额，但该费用是合理且必要的（如因工程变更、政策调整或不可抗力导致费用增加），且乙方能提供充分证据证明费用增加的合理性，那么乙方有权要求甲方补发超出部分。
• 不合理或浪费：如果费用增加是由于乙方管理不善、浪费或违规操作导致，则甲方有权拒绝补发超出部分，甚至可能要求乙方承担相应责任。

3. 双方协商角度

• 协商解决：无论合同是否有明确约定，双方均可通过协商解决争议。乙方可以提出超出部分的详细清单及理由，与甲方协商补发事宜。如果甲方认可乙方的理由和证据，双方可签订补充协议明确补发金额和方式。
• 协商不成：如果协商不成，乙方可依据合同约定或法律规定，通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。

4. 法律规定角度

• 《民法典》相关规定：根据《中华人民共和国民法典》第五百一十条：“合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。”因此，在合同无明确约定时，可参考行业交易习惯或相关法律法规。
• 建设工程领域特殊规定：在建设工程领域，安全文明施工费通常属于工程价款的一部分。如果因甲方原因导致费用增加（如设计变更、工期延长等），甲方应承担相应费用；如果因乙方原因导致费用增加，则由乙方自行承担。

5. 实践建议

• 完善合同条款：为避免争议，建议在合同中明确安全文明施工费的支付方式、调整机制及超出部分的承担方式。
• 保留证据：乙方应妥善保留费用增加的相关证据（如发票、付款凭证、变更通知等），以便在争议发生时提供有力支持。
• 及时沟通：发现费用可能超出合同约定时，乙方应及时与甲方沟通并说明原因，争取达成一致意见。

总结：安全文明施工费实际使用超过合同约定金额时，是否可以要求甲方补发需结合合同约定、实际使用合理性、双方协商及法律规定等因素综合判断。如有疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。