针对您提出的问题，即“异地就医看的普通门诊病假单拿回公司不认，公司只认急诊这个合法吗”，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，从法律层面来看，用人单位不应对员工的就医自主权过多干涉。员工有权根据自身病情、就医便利性等因素，选择合适的医院进行就诊。这意味着，员工在异地就医时，选择普通门诊进行诊疗，是其就医自主权的一种体现，应当受到法律的保护。

其次，关于病假单的认可问题，企业对于正规医院开具的病假条应当予以认可。这里的“正规医院”指的是经卫生行政主管部门核准具有资质的医疗机构。只要该医疗机构具有治疗、处方资质，并且医疗人员进行了合法的诊疗行为，那么其开具的病假单就应当具有合法性和权威性。因此，无论病假单是在本地还是异地、是急诊还是普通门诊开具的，只要符合上述条件，企业都应当予以认可。

再来看您公司的具体做法，即只认可急诊病假单而不认可普通门诊病假单。这种做法可能缺乏法律依据，并且可能侵犯了员工的就医自主权。除非公司有合法有效的规章制度明确规定了这一点，并且该制度在制定过程中遵循了公平性、合理性、便利性等原则，同时得到了员工的认可或知晓，否则公司不能单方面地只认可急诊病假单。

最后，我想强调的是，用人单位在管理员工病假时，应当遵循合法合规的原则，尊重员工的就医自主权。如果公司对员工的病假单存在疑虑，可以通过合法途径进行核实，比如要求员工提供相关的医疗证明、病历记录等，但不能简单地以“只认急诊”为由拒绝认可员工的病假单。

综上所述，您公司只认可急诊病假单而不认可异地就医的普通门诊病假单的做法，可能缺乏法律依据，并且可能侵犯了员工的合法权益。建议您与公司进行沟通协商，寻求合理的解决方案。如果沟通无果，您可以考虑向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。