入职只签用工协议是否合法，关键在于该用工协议是否具备劳动合同的法定必备条款，且是否符合相关法律法规的规定。以下从多个角度进行详细分析：

1. 用工协议与劳动合同的关系：

   • 若用工协议内容完整：如果用工协议中包含了劳动合同的必备条款，如工作内容、工作地点、工作时间、休息休假、劳动报酬、社会保险、劳动保护、劳动条件及职业危害防护等，且双方均认可其效力，那么这份用工协议在实质上就可以被视为一份有效的劳动合同。在此情况下，仅签订用工协议是合法的。
   • 若用工协议内容缺失：如果用工协议未能涵盖劳动合同的必备条款，或者根本未签订书面协议，那么这种做法是不合法的。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，建立劳动关系应当订立书面劳动合同，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。

2. 法律后果与风险：

   • 用人单位风险：如果用人单位未与劳动者签订书面劳动合同，或者签订的用工协议不符合劳动合同的要求，用人单位将面临法律风险。具体来说，自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，用人单位需向劳动者每月支付二倍的工资作为赔偿。此外，若因此引发劳动争议，用人单位还可能面临劳动仲裁机构的裁决，以及可能的社会声誉损失。
   • 劳动者权益：对于劳动者而言，如果入职时仅签订了不符合要求的用工协议，其合法权益可能得不到充分保障。例如，劳动报酬、社会保险等关键条款可能缺失或不明确，导致劳动者在维权时面临困难。

3. 实例说明：

   • 假设小王在某公司入职时，仅签订了一份简单的用工协议，协议中未明确劳动报酬、社会保险等关键条款。在工作一段时间后，小王发现公司未按照约定支付工资，且未为其缴纳社会保险。此时，小王有权要求公司补签书面劳动合同，并支付拖欠的工资和补缴社会保险。如果公司拒绝，小王可以通过劳动仲裁途径维护自己的合法权益。

4. 建议与指导：

   • 对于用人单位：建议用人单位在与劳动者建立劳动关系时，即签订包含所有必备条款的书面劳动合同，无论是否在试用期内。同时，用人单位应定期对内部的人力资源管理流程进行审查，确保所有员工的劳动合同均符合法律规定，以避免不必要的法律纠纷和经济损失。
   • 对于劳动者：劳动者在入职时应仔细阅读用工协议或劳动合同条款，确保自己的权益得到充分保障。特别是关于劳动报酬、社会保险、合同期限以及解除劳动合同的条件和补偿等关键条款，更应仔细审查。如果条件允许的话，可以咨询专业律师对合同进行审查和指导。

总结来说，入职只签用工协议是否合法，取决于该协议是否具备劳动合同的法定必备条款。为了确保合规并保障双方权益，建议用人单位和劳动者在建立劳动关系时即签订书面劳动合同，并明确各项关键条款。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。