结论：交警查酒驾时，若现场仅有一名执法人员在场，但电子罚单上显示有两人签字，这种情况是否合法需分情况讨论。具体分析如下：

1. 执法程序合法性角度
   根据《行政处罚法》第三十七条及《道路交通安全违法行为处理程序规定》，交警查酒驾属于行政处罚行为，原则上需由两名以上执法人员共同完成。若现场仅有一名交警实际执法，但电子罚单通过系统自动生成或事后补签两名执法人员姓名，则可能涉嫌程序违法。此时，当事人可主张执法程序瑕疵，要求撤销或变更处罚决定。

2. 电子签名效力角度
   若电子罚单上的两名签名均通过合法电子签名系统完成（如符合《电子签名法》要求的可靠电子签名），且能证明其中一名执法人员确实参与执法（例如通过执法记录仪记录、工作日志等佐证），则电子签名的效力可被认可。但若签名系伪造或未经授权代签，则属于违法行为，当事人可据此提出异议。

3. 实际执法与形式要件冲突的解决
   若现场仅有一名交警执法，但单位为“完善程序”事后补签另一名执法人员姓名，此行为违反“执法人员与实际参与者一致”的原则。根据《行政诉讼法》第七十条，若行政处罚程序违法，法院可判决撤销或部分撤销处罚决定。

建议：

• 若您收到此类罚单，可先通过行政复议或行政诉讼主张程序违法，要求撤销处罚；
  
• 收集现场证据（如执法记录仪视频、证人证言）证明实际执法人数，以支持您的主张；
  
• 若电子签名存在伪造嫌疑，可申请司法鉴定确认签名真实性。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。