结论：事业单位由上级主管部门联合设岗，有空岗却不让聘任，这种行为是否违规不能一概而论，需要结合具体情况和相关规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、从事业单位岗位聘任的基本规定来看
岗位设置与聘任原则：
- 事业单位的岗位设置和聘任通常遵循公开、平等、竞争、择优的原则。这意味着，在有空岗的情况下，事业单位应当按照既定的程序和标准，公开进行聘任，确保符合条件的员工有机会参与竞争。
聘任条件与程序：
- 事业单位在聘任员工时，通常会设定一定的聘任条件，如学历、工作经验、专业技能等。同时，聘任程序也需要符合相关规定，如发布聘任公告、组织考核、公示聘任结果等。如果事业单位在有空岗的情况下，未按照既定的条件和程序进行聘任，而是擅自决定不聘任或内部指定聘任对象，那么这种行为可能构成违规。
二、从上级主管部门联合设岗的特殊性来看
联合设岗的目的与要求：
- 上级主管部门联合设岗通常是为了优化资源配置、提高管理效率或实现特定目标。在联合设岗的情况下，事业单位需要遵循上级主管部门的指导和要求，确保岗位设置和聘任的合规性。
上级主管部门的干预与限制：
- 如果上级主管部门在联合设岗时，对聘任对象、聘任条件或聘任程序等有特定要求或限制，那么事业单位在聘任时需要遵循这些要求或限制。如果事业单位未遵循上级主管部门的要求或限制，擅自决定不聘任或改变聘任条件，那么这种行为可能构成违规。但需要注意的是，上级主管部门的要求或限制也必须合法合规，不能违反相关法律法规和政策规定。
三、从具体案例与实际情况来看
是否存在违规行为：
- 要判断事业单位在有空岗的情况下不让聘任是否违规，需要具体了解聘任过程、聘任条件、上级主管部门的要求以及相关法律法规和政策规定。如果事业单位能够提供充分的证据证明其聘任行为符合相关规定和程序，那么这种行为可能不构成违规。反之，如果事业单位无法提供充分证据或存在明显违规行为，那么这种行为可能构成违规。
可能的法律后果：
- 如果事业单位的聘任行为被认定为违规，那么可能面临一定的法律后果，如被责令改正、被通报批评、相关责任人员被处分等。同时，违规聘任行为也可能影响事业单位的声誉和公信力，对事业单位的长远发展产生不利影响。
四、建议与措施
了解相关规定与程序：
- 事业单位在聘任员工时，应当充分了解并遵循相关法律法规和政策规定以及上级主管部门的要求和限制。确保聘任行为的合法性和合规性。
加强沟通与协调：
- 如果事业单位在聘任过程中遇到问题或困难，应当及时与上级主管部门进行沟通与协调。寻求上级主管部门的指导和支持，确保聘任工作的顺利进行。
建立监督机制：
- 事业单位可以建立内部监督机制或引入外部监督力量，对聘任过程进行监督和检查。确保聘任行为的公开、公平、公正和透明。
最后，如果你作为事业单位的员工或相关利益方，认为事业单位的聘任行为存在违规情况，可以向相关部门进行投诉或举报。同时，如果你有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，也可以直接向我咨询。