逾期支付工程款产生的违约金，若属于价外费用性质，应当开具发票；若属于赔偿性违约金，则无需开具发票，但需留存相关证明材料。具体分析如下：

1. 价外费用性质的违约金需开具发票
   根据《增值税暂行条例》第六条及《增值税暂行条例实施细则》第十二条，销售额为纳税人销售货物或应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。价外费用包括但不限于违约金、滞纳金、赔偿金等。若逾期支付工程款产生的违约金被认定为价外费用，则属于增值税应税范围，施工方需按主合同适用的税率（如建筑服务9%）开具增值税发票，购买方凭发票进行税前扣除或进项抵扣。

2. 赔偿性违约金无需开具发票
   若违约金性质为赔偿性（如因工程延期、质量不达标等违约行为导致的赔偿），且未伴随应税销售行为，则不属于增值税应税范围。此时，双方可通过签订补充协议明确违约金性质，并留存合同、付款记录、违约事实证明等材料作为税务稽查依据。购买方不得要求施工方开具发票，但可凭上述材料在企业所得税前扣除。

实务建议：

• 合同中应明确违约金性质（价外费用或赔偿性），避免歧义；
  
• 施工方需根据违约金性质判断是否开具发票，避免税务风险；
  
• 购买方若需税前扣除，应确保违约金支付与合同、业务实质相符，并留存完整证明材料。
  

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