结论：店长允许店员在店里充值赠券给顾客结账这一行为是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从合同法的角度：

   • 如果充值赠券活动是商家合法经营的一部分，且赠券的发放、使用规则等均明确告知消费者，没有欺诈、误导等违法行为，那么这种行为通常是合法的。商家与消费者之间形成了有效的合同关系，赠券作为合同的一部分，其使用应受到合同条款的约束。
   • 但如果赠券的发放或使用存在欺诈、虚假宣传等违法行为，或者商家通过赠券形式变相提高商品价格、损害消费者权益，那么这种行为就可能违反《中华人民共和国合同法》以及《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定。

2. 从反不正当竞争法的角度：

   • 如果商家通过充值赠券活动进行不正当竞争，如恶意排挤竞争对手、扰乱市场秩序等，那么这种行为可能违反《中华人民共和国反不正当竞争法》的相关规定。
   • 判断的关键在于赠券活动是否具有正当的商业目的，以及是否对市场竞争造成了不良影响。

3. 从税务法的角度：

   • 商家在发放赠券时，需要按照相关税法规定进行税务处理。如果商家未依法纳税或存在偷税漏税行为，那么这种行为就可能违反税务法律法规。
   • 具体来说，商家可能需要就赠券的发放和使用缴纳增值税、企业所得税等税种。

4. 从内部管理角度：

   • 如果店长允许店员私自进行充值赠券活动，且该活动未经商家正式授权或违反了商家的内部管理规定，那么这种行为可能构成商家内部的违规行为。
   • 虽然这种行为不一定直接违反外部法律法规，但可能损害商家的利益和管理秩序，商家有权根据内部规定对相关责任人进行处理。

建议：

• 对于商家而言，应确保充值赠券活动的合法性和合规性，明确告知消费者赠券的发放、使用规则等，避免欺诈、误导等违法行为。
• 对于消费者而言，在接受充值赠券服务时，应仔细阅读赠券的使用规则，了解自己的权益和义务，避免陷入不必要的纠纷。
• 如果商家或消费者对充值赠券活动的合法性存在疑问，建议及时咨询专业律师或相关监管部门，以获取准确的法律意见和指导。

后续行动：如果您或您的商家在充值赠券活动中遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。