工程规划许可证已取得且项目已开工建设的情况下，工程规划许可证是可以进行变更的，但需要满足一定的条件并遵循相应的程序。以下从多个角度为你详细分析：

一、变更的合法性基础

根据相关法律法规，工程规划许可证的变更并非随意进行，而是需要基于合法、合理的理由。这些理由可能包括但不限于：项目设计的调整、建设条件的改变、政策法规的更新等。只要这些变更理由符合法律法规的规定，且不影响公共利益和他人合法权益，就可以依法申请变更。

二、变更的程序要求

1. 提交申请：建设单位需要向原颁发工程规划许可证的城乡规划主管部门提交变更申请，并附上相关证明材料，如变更后的设计方案、施工图纸等。
2. 审查与批准：城乡规划主管部门会对变更申请进行审查，核实变更理由的合法性和合理性，以及变更后的设计方案是否符合规划要求。如果审查通过，会颁发新的工程规划许可证或出具变更批准文件。
3. 公示与听证：在变更过程中，如果涉及公众利益或他人合法权益，城乡规划主管部门可能会进行公示或听证，以听取相关方的意见和建议。

三、变更可能带来的影响

1. 施工进度：变更工程规划许可证可能会导致施工进度的延误，因为需要重新进行设计、审批等流程。因此，建设单位在申请变更前应充分考虑这一因素，并制定相应的应对措施。
2. 成本增加：变更工程规划许可证还可能导致建设成本的增加，包括设计费用、审批费用、施工费用等。建设单位应做好成本预算和控制工作。
3. 法律责任：如果变更工程规划许可证的过程中存在违法行为或违规操作，建设单位可能会面临法律责任和行政处罚。因此，建设单位应严格遵守法律法规和程序要求，确保变更的合法性和合规性。

四、实际操作建议

1. 提前规划：在项目开工前，建设单位应充分考虑各种可能的变化因素，并制定相应的应对措施。如果确实需要变更工程规划许可证，应尽早提出申请，以免影响施工进度和成本。
2. 咨询专业意见：在申请变更前，建设单位可以咨询专业的规划师或律师的意见，了解变更的合法性和可行性，以及可能带来的影响和风险。
3. 保持沟通：在变更过程中，建设单位应与城乡规划主管部门保持密切沟通，及时了解审批进度和结果，并根据需要调整变更方案或提供补充材料。

总结来说，工程规划许可证在项目已开工建设的情况下是可以进行变更的，但需要满足一定的条件并遵循相应的程序。如果你在实际操作中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。