在处理供应商对采购活动的质疑时，采购代理机构确实可以采用函件询问的方式作为沟通手段，但关键在于明确这种沟通的性质及其后续处理流程。以下是对这一问题的详细解答：

首先，我们需要区分“询问”与“质疑”在政府采购法中的不同定义和用途：

1. 询问：

   • 主体：询问的主体范围广泛，不仅限于参与采购活动的供应商，还包括所有潜在供应商。
   • 内容：询问可以涉及采购活动的任何方面，只要供应商对此有疑问。
   • 处理：采购代理机构或采购人应在收到询问后，及时（通常在3个工作日内）作出答复，且答复内容不得涉及商业秘密。

2. 质疑：

   • 主体：提出质疑的供应商必须是参与所质疑项目采购活动的供应商，或已依法获取可质疑采购文件的潜在供应商。
   • 内容：质疑必须针对采购文件、采购过程、中标或成交结果，且供应商认为这些事项损害了其权益。
   • 处理：采购代理机构应在收到书面质疑后七个工作日内，以书面形式作出答复，并通知质疑供应商和其他有关供应商。答复内容同样不得涉及商业秘密，且应提供充分的证据和法律依据。

针对您提出的问题，“代理机构处理质疑时能采用函件询问吗？”：

• 函件询问作为沟通手段：在处理质疑过程中，采购代理机构确实可以通过函件与供应商进行沟通，以更清晰地了解质疑的具体内容、背景及供应商的诉求。这种沟通可以视为对质疑的初步了解或澄清过程，但并不等同于正式的质疑答复。

• 正式答复需书面：无论沟通过程中采用了何种形式（包括函件询问），采购代理机构对质疑的正式答复都必须以书面形式作出，并符合政府采购法及相关规定的时间要求和内容要求。

• 区分询问与质疑：在沟通过程中，采购代理机构应准确区分供应商提出的是询问还是质疑。如果是询问，应按照询问的处理流程及时答复；如果是质疑，则应按照质疑的处理流程进行正式答复，并确保答复的合法性和合规性。

总结： 采购代理机构在处理供应商质疑时，可以采用函件作为沟通手段以了解质疑详情，但正式答复必须遵循政府采购法及相关规定，以书面形式作出，并确保答复的合法性和合规性。同时，采购代理机构应准确区分询问与质疑，并按照相应的处理流程进行答复。