针对您提出的“代理机构未按时间书面回复质疑答复怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，根据《中华人民共和国政府采购法》及其相关实施条例和规章，如《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号），供应商在政府采购过程中，如果对采购人或采购代理机构的答复不满意，或者采购人、采购代理机构未在规定的时间内作出答复，是有明确的投诉渠道和处理流程的。

具体处理步骤如下：

1. 确认答复期限：

   • 您需要首先确认代理机构是否确实未在规定的时间内作出书面答复。这通常取决于采购文件或相关法规中规定的答复期限。

2. 准备投诉材料：

   • 如果确认代理机构未按时答复，您应准备投诉材料，包括但不限于质疑函、代理机构未答复的证明（如邮件、信函等未回复的记录）、以及您认为权益受到损害的相关证据。

3. 向同级政府采购监督管理部门投诉：

   • 根据《中华人民共和国政府采购法》第五十五条和《政府采购质疑和投诉办法》第七条，您可以在答复期满后十五个工作日内，向同级政府采购监督管理部门（通常是财政局）提起投诉。

4. 等待投诉处理：

   • 政府采购监督管理部门在收到投诉后，会按照规定的程序进行审查，并在三十个工作日内对投诉事项作出处理决定。这个决定会以书面形式通知您和与投诉事项有关的当事人。

5. 关注投诉处理结果：

   • 您应密切关注投诉处理结果，如果对处理结果不满意，还可以根据相关法律法规的规定，进一步寻求法律救济。

注意事项：

• 在整个过程中，请确保您的投诉材料真实、完整、有据可查。
• 投诉时应遵循法定程序和时限要求，以免错过投诉期限。
• 如果对投诉处理结果有异议，可以考虑通过法律途径进一步解决。

综上所述，如果代理机构未按时间书面回复质疑答复，您有权向同级政府采购监督管理部门投诉，并等待其按照法定程序作出处理决定。希望这个解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。