采购代理机构未进行实质性答复，不算作有效答复。

在政府采购活动中，当供应商提出质疑时，采购代理机构或采购人应当按照法定程序进行答复。根据《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）的相关规定，采购人、采购代理机构应当在收到质疑函后7个工作日内作出答复，并以书面形式通知质疑供应商和其他有关供应商。这里的“答复”应当是对质疑内容的实质性回应，而非简单的形式性回复。

实质性答复意味着采购代理机构需要针对供应商提出的质疑点进行具体、明确的解释或说明，提供相关的证据或依据，以证明其采购行为的合法性、合规性。如果采购代理机构只是简单地回复“已收悉”或“正在处理中”，而未对质疑内容进行实质性回应，那么这样的答复是不符合法律规定的，也不能视为有效答复。

因此，如果采购代理机构未进行实质性答复，供应商可以据此向财政部门提起投诉，要求采购代理机构重新作出答复或纠正其违法行为。在投诉处理过程中，财政部门也会根据相关法律法规和事实情况，对采购代理机构的答复行为进行评估和判断，以确定其是否履行了法定的答复义务。

综上所述，采购代理机构在收到供应商的质疑后，必须依法进行实质性答复，以确保供应商的合法权益得到保障，并维护政府采购活动的公平、公正和透明。