工程施工土地征收过程中，若未取得合法发票，可能存在合法性风险，需分情况具体分析：

1. 土地征收补偿款支付主体与发票开具义务
   根据《土地管理法》及实施条例，土地征收补偿款由政府财政部门或其委托的单位支付，属于行政补偿行为。此类款项通常不涉及增值税等税费的征收，因此支付方可能不会主动要求开具发票。但若补偿款通过企业代付或存在其他资金流转环节，则需根据《发票管理办法》判断是否应开具发票。

2. 企业代付补偿款时的发票义务
   若政府委托企业（如开发商、施工单位）代付补偿款，企业需以自身名义支付并取得合法凭证。此时：

   • 若补偿款属于企业成本支出（如土地平整费用），企业应要求收款方（如被征收人）开具发票，否则可能面临税务机关对成本不予认可的风险；
     
   • 若被征收人为个人且无法开具发票，企业可凭政府出具的补偿文件、协议、支付凭证等作为税前扣除依据，但需符合《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的相关规定。

3. 税务合规风险与应对建议

   • 支付方风险：未取得合法发票可能导致企业无法在税前扣除成本，增加税务负担；
     
   • 收款方风险：个人取得补偿款若未申报纳税，可能涉及个人所得税漏缴问题；
     
   • 建议：
     
     1. 政府或企业应完善补偿款支付流程，明确是否需要发票及替代凭证；
        
     2. 企业代付时，建议与政府签订委托协议，并留存补偿文件、支付记录等；
        
     3. 个人收款后，若金额较大，可主动向税务机关申报纳税或咨询合规处理方式。

4. 特殊情形：政府直接支付补偿款
   若补偿款由政府财政直接支付给被征收人，通常不涉及发票问题，但需确保支付流程符合《预算法》《政府采购法》等规定，避免资金挪用等行政违法风险。

总结：土地征收补偿款是否需要发票，需结合支付主体、资金性质及税务规定综合判断。建议相关方在操作前咨询税务机关或专业律师，确保流程合法合规。若有进一步疑问，可直接向我提问。