结论：市场局对一个当事人的两个内部单位的同一种违法行为进行处罚时，是分开立案还是合并立案，这主要取决于违法行为的性质、情节以及市场局的具体执法考量，但通常来说，若两个内部单位的行为构成同一违法事实的不同部分，市场局更倾向于合并立案处理；若两个内部单位的行为相对独立，则可能分开立案。以下是对此问题的详细分析：

1. 合并立案的情况：

   • 同一违法事实：如果两个内部单位的行为紧密相连，共同构成了同一违法事实的不同环节或部分，那么市场局在执法时，很可能会将这两个单位视为一个整体，对它们的违法行为进行合并立案处理。这样做有助于全面、准确地查明违法事实，确保处罚的公正性和合理性。
   • 执法效率：合并立案还可以提高执法效率，减少重复劳动和资源浪费。市场局可以一次性对两个内部单位进行调查、取证和处罚，避免了对同一违法事实的多次处理。

2. 分开立案的情况：

   • 相对独立的行为：如果两个内部单位的行为相对独立，各自构成了不同的违法事实，那么市场局在执法时，可能会选择对它们分开立案处理。这样做有助于明确每个单位的违法责任，确保处罚的针对性和有效性。
   • 不同情节和后果：即使两个内部单位的行为属于同一种违法行为，但如果它们的情节和后果存在显著差异，市场局也可能考虑分开立案。例如，一个单位的行为情节较轻，后果不严重；而另一个单位的行为情节严重，后果恶劣。在这种情况下，分开立案可以更好地体现处罚的公正性和合理性。

法律建议：

• 对于当事人而言，如果面临市场局的处罚决定，首先应当仔细审查处罚决定书，了解市场局是合并立案还是分开立案，以及立案的理由和依据。
• 如果认为市场局的立案方式或处罚决定存在不当之处，可以及时向市场局提出异议或申请行政复议，甚至提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
• 在日常经营中，当事人应当加强内部管理，确保各内部单位的行为符合法律法规的规定，避免因违法行为而受到市场局的处罚。

可能的法律后果：

• 如果市场局选择合并立案处理，且处罚决定合法合理，那么当事人需要接受处罚并承担相应的法律责任。
• 如果市场局选择分开立案处理，但当事人认为其中存在不当之处，可以通过法律途径进行维权。如果维权成功，可能会减轻或免除部分法律责任；如果维权失败，则需要承担相应的法律后果。