结论前置：
法律分析：
通常情况下不合法
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资是劳动者付出劳动后的基本权利，应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。此外，《工资支付暂行规定》第九条也明确指出，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，工资的支付与是否办理离职手续无直接关联，公司不能以未办离职手续为由拖欠工资。
特殊情况可能合法
尽管通常情况下公司不能以未办离职手续为由拖欠工资，但在某些特殊情况下，如果劳动者未办理离职手续导致公司遭受了实际损失，且公司能够提供充分的证据证明损失的存在和具体数额，根据劳动合同的约定，公司有权要求劳动者赔偿经济损失。在这种情况下，公司扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
此外，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了不办离职手续将扣发工资，并且这些规定合法有效（即不违反法律法规的强制性规定），那么公司在符合规定的前提下可能有权扣除部分工资。但这种情况较为少见，且公司需确保规定的合法性，并承担举证责任。
应对措施：
与公司协商：首先，你可以尝试与公司进行协商，要求公司支付拖欠的工资。在协商过程中，你可以明确表达自己的诉求和依据，争取达成和解。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门将依法对公司进行调查，并责令其限期支付拖欠的工资。如果公司逾期不支付，还可能面临加付赔偿金的处罚。
申请劳动仲裁：若投诉仍未能解决问题，你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁是一种具有法律效力的解决争议的方式，其裁决结果对双方均有约束力。在仲裁过程中，你需要提供充分的证据来支持自己的诉求。
向法院起诉：如果仲裁结果仍不能满足你的合法权益，你还可以在规定时间内向法院提起诉讼。法院将根据相关法律法规和事实情况，作出公正的判决。
实际应用指导：
保留证据：在整个过程中，你需要保留好与劳动关系和工资相关的所有证据，如劳动合同、工资条、银行转账记录、考勤记录等。这些证据将有助于你证明自己的诉求和公司的违法行为。
了解法律：你需要了解相关的法律法规，明确自己的权利和义务。这样，在与公司协商或向相关部门投诉时，你才能更有底气地维护自己的合法权益。
寻求帮助：如果你缺乏法律知识或经验，可以寻求专业法律人士的帮助。他们可以为你提供更具体的法律建议和指导，帮助你更好地维护自己的权益。
最后，我希望你能顺利解决这个问题。如果还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。