关于工资抵扣赔偿手写协议是否有效的问题，这主要取决于协议的内容、签订过程以及是否符合相关法律法规的规定。以下从几个方面进行详细分析：

1. 协议内容合法性：

   • 如果手写协议中明确约定了用人单位因某种原因（如员工造成损失）需要从员工工资中抵扣赔偿，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准、工资支付规定等），同时也不存在用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的情形，那么该协议在内容上是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同中的无效条款包括以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，以及用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的等情形。若工资抵扣赔偿的协议不涉及这些无效情形，则内容合法。

2. 签订过程自愿性：

   • 协议必须是双方自愿签订的，不存在欺诈、胁迫等情形。如果员工是在被胁迫或不知情的情况下签订了该协议，那么该协议可能因缺乏自愿性而被认定为无效。
   • 实际建议：在签订任何涉及工资抵扣的协议时，员工应确保自己完全理解协议内容，并自愿签订。如有疑问，应及时咨询专业人士或法律机构。

3. 手写协议的形式要件：

   • 手写协议本身并不影响其法律效力，只要协议内容清晰、明确，且双方签字或盖章确认，就具备了一定的法律效力。然而，为了确保协议的完整性和可证明性，建议双方在签订时尽量使用打印件，并附上手写签名和日期。
   • 额外提醒：如果可能的话，最好将协议进行公证或由第三方见证，以增加其法律效力。

4. 特殊情况下的无效情形：

   • 如果协议中约定的抵扣金额超过了员工当月工资的法定扣除比例（如根据相关规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%），那么超出部分可能被认定为无效。
   • 计算公式示例：假设员工当月工资为5000元，协议约定抵扣赔偿为1500元。由于1500元未超过5000元的20%（即1000元为上限的错误表述，实际应为5000*20%=1000元的对比基准，但此处1500元已超此基准的假设用于说明），若按正确比例计算超出部分则为无效（实际应为1500-1000=500元超出无效），但此例中直接说明1500元若按错误理解未超假设的1000元上限则表述有误，正确表述应为：若约定抵扣1500元，则超出5000元20%（即1000元）的部分500元无效。更准确的表述是：每月扣除额不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。如当地最低工资标准为2000元，则5000元工资最多扣除3000元中的20%即1000元为赔偿，剩余4000元中需保证不低于2000元，因此实际可扣除赔偿最多为2000元（5000-2000（最低工资）-其他必要扣除（如有））中的合理部分，且不超过造成损失的实际金额，具体需根据实际情况计算。

综上所述，工资抵扣赔偿的手写协议在内容合法、签订过程自愿、形式要件完备且不违反特殊无效情形的情况下，是有效的。然而，为了确保协议的合法性和有效性，建议双方在签订前仔细审查协议内容，并在必要时咨询专业人士或法律机构。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。