公司克扣工资，员工签字并不一定有效。具体分析如下：
法律原则：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。克扣工资是违反劳动法的行为，无论员工是否签字，都不能改变这一事实。
签字性质：员工在工资单或相关文件上签字，通常只是表示收到了该份工资或知晓了工资数额，而并不意味着同意或认可公司克扣工资的行为。如果签字时存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，该签字更是可能被视为无效。
维权途径：如果公司克扣工资，员工可以通过多种途径维护自己的合法权益，包括但不限于向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁或诉讼等。在这些程序中，员工签字是否有效，将结合具体情况进行判定。
特殊情况：当然，也存在一些特殊情况，比如员工与公司之间达成了书面协议，明确约定了工资数额及支付方式，且该协议不违反法律法规的强制性规定。在这种情况下，如果员工签字确认了协议内容，并实际履行了协议，那么该签字可能是有效的。但这种情况并不改变克扣工资本身违法的性质。
综上所述，公司克扣工资是违法的，员工签字并不一定有效。如果遭遇此类情况，建议员工及时咨询专业律师（如我），了解具体的维权途径和策略。