企业因经营不善只发最低工资是否合法，需分情况讨论：
若劳动合同中有明确约定，且履行了相关程序
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，若劳动合同中已明确约定，在企业经营不善等特定情况下可以发放最低工资，并且企业已经与工会或职工代表进行了平等协商，达成了发放最低工资的一致意见，同时部分地区要求企业向劳动行政部门报备的，企业也已按规定履行了报备程序且未遭异议，那么在这种情况下，企业发放最低工资是合法的。
若劳动合同中无明确约定，或未履行相关程序
- 未协商一致：如果企业未经与工会或职工代表协商，单方面决定发放最低工资，这侵犯了员工的合法权益，属于不合法行为。员工有权要求企业按照原劳动合同约定的工资标准支付工资。
- 恶意降低工资：若企业实际上并不存在真实的经营困难，或以经营困难为借口恶意降低员工工资至最低工资标准，同样属于不合法行为。员工可以通过法律途径维护自己的权益。
- 低于最低工资标准：无论企业经营状况如何，都不能低于当地政府规定的最低工资标准发放工资。这是我国实行最低工资保障制度的基本要求。如果企业发放的工资低于最低工资标准，将构成违法行为，员工有权向劳动行政部门投诉或提起劳动仲裁。
停工、停产、歇业情况下的工资支付
- 根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成企业停工、停产、歇业时，企业未解除劳动合同的，应按照相关规定支付工资。具体来说，停工、停产、歇业在一个工资支付周期内的，应视同劳动者提供正常劳动并支付相应工资；超过一个周期的，若劳动者提供正常劳动，则报酬不得低于最低工资标准；若未提供正常劳动，应按国家有关规定办理，通常是发放基本生活费。
法律建议：
- 企业方面：在经营困难时，企业应首先与工会或职工代表进行充分协商，寻求共识，并确保发放的工资不低于当地最低工资标准。同时，企业应遵守相关法律法规，履行报备程序（如适用），以避免法律纠纷。
- 员工方面：员工应了解自己的合法权益，若发现工资被违法降低，可通过向劳动行政部门投诉、申请劳动仲裁等方式维护自己的权益。在维权过程中，员工应保留好相关证据，如工资条、劳动合同等，以便在需要时提供证明。
可能后果：
- 如果企业违法降低员工工资，可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 员工有权要求企业补发被降低的工资，并可能要求企业支付经济补偿金或赔偿金。
- 在极端情况下，如果企业长期违法降低工资且拒不改正，员工有权解除劳动合同并要求企业支付经济补偿。
总之，企业在经营困难时发放最低工资需谨慎操作，确保符合法律规定和劳动合同约定，以保障企业和劳动者的双方权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。