结论前置：公司加班费计算不是按全薪而是按某个基数计算，是否合法主要取决于该基数是否符合法律法规的规定以及劳动合同或集体合同的约定。通常情况下，仅按基本工资等单一部分作为加班费计算基数是不合法的，加班费计算基数应包含劳动者正常劳动应得的全部工资。
一、法律法规的规定
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条以及《工资支付暂行规定》的相关规定，加班费的计算基数应当按照劳动合同的约定来确定，且不得低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准。若劳动合同或集体合同未明确约定，则应按照劳动者本人正常劳动应得的工资确定。这里的“正常劳动应得的工资”通常包括基本工资、绩效工资、奖金、津贴等货币性收入。
二、加班费计算基数的确定
劳动合同有明确约定：
劳动合同未明确约定：
特殊情况：
三、加班费计算标准
无论加班费计算基数如何确定，其计算标准都应遵循以下规定：
四、劳动者权益保护
如果劳动者发现用人单位计算加班费的方式不合法，即加班费计算基数未包含其正常劳动应得的全部工资，劳动者有权要求用人单位按照法律规定调整并补发加班费。协商不成的情况下，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
五、实际案例与建议
在实际操作中，因加班费计算基数引发的纠纷屡见不鲜。例如，某劳动者与用人单位在劳动合同中仅约定了基本工资作为加班费计算基数，但未考虑绩效工资和奖金等部分。后来，劳动者发现用人单位按照基本工资计算加班费，导致其实际获得的加班费远低于应得水平。在此情况下，劳动者可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。
建议：劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班费计算基数的约定。如果合同条款存在模糊或不合理之处，应及时与用人单位沟通并协商修改。同时，劳动者在平时工作中也应保留好相关证据，如工资条、加班记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
综上所述，公司加班费计算不是按全薪而是按某个基数计算是否合法，主要取决于该基数是否符合法律法规的规定以及劳动合同或集体合同的约定。劳动者在遇到此类问题时，应积极维护自己的合法权益，必要时寻求法律帮助。