关于非本村村民在集体土地上签订合作建房协议的效力问题，需结合具体法律条款和实际情况综合判断，以下是详细分析：

1. 协议效力可能无效的情形
   根据《土地管理法》第六十二条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且宅基地使用权仅限本村集体经济组织成员享有。若非本村村民通过合作建房协议变相取得宅基地使用权（例如约定房屋建成后共同共有或长期租赁），可能因违反法律强制性规定被认定无效。
   典型案例：若协议约定“非村民出资建房，房屋建成后双方按比例共有”，此类条款因涉及宅基地使用权非法流转，通常会被法院认定无效。

2. 协议效力可能有效的情形
   若协议仅约定合作建房中的出资、施工等具体事项，且不涉及宅基地使用权转让（例如约定房屋建成后全部归村民所有，非村民仅收取固定收益），则协议可能被认定为有效。但需注意：

• 需符合《民法典》关于合同效力的规定（如双方真实意思表示、不违反公序良俗）；
  
• 需确保建房行为符合地方规划要求，避免因违建被拆除。

1. 特殊情形下的效力认定
   

• “小产权房”合作建房：若房屋未取得合法产权证明，即使协议有效，非村民也可能面临无法办理产权登记、房屋被强制拆除等风险。
  
• 企业参与合作建房：若非村民为企业，需进一步审查是否涉及以合作建房名义实施房地产开发（需取得相应资质），否则可能因违反《城市房地产管理法》被认定无效。

建议：

1. 签订协议前，务必核实宅基地使用权归属及建房合法性（如是否取得乡村建设规划许可证）；
   
2. 协议中应明确约定房屋产权归属、使用期限、拆迁补偿等关键条款，避免模糊表述；
   
3. 若涉及大额投资，建议委托律师对协议进行合法性审查，降低法律风险。
   

如有具体协议文本或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您提供更精准的分析。