预告抵押登记不会仅因债务人原因超过90天未办理申请抵押权证就自动失效，但具体是否失效需结合以下情况分析：

1. 预告抵押登记的失效条件
   根据《民法典》第221条，预告登记后，债权消灭或自能够进行不动产登记之日起90日内未申请登记的，预告登记失效。这里的“90日”是法定期间，但需注意：

   • 起算点：以“能够进行不动产登记之日”为准（如房屋竣工验收合格、债务履行条件成就等），而非单纯以债务人原因导致的时间延迟为起算点。
     
   • 失效后果：预告登记失效后，原预告抵押权转化为普通债权，债权人丧失优先受偿权，但抵押合同本身仍有效，债权人可基于合同要求债务人承担违约责任。

2. 债务人原因导致超期未登记的特殊性
   若因债务人故意拖延、拒绝配合等主观原因导致超期未办理抵押权证，债权人可采取以下措施：

   • 主张继续履行：要求债务人配合办理抵押登记，并保留相关证据（如催告记录、沟通记录等）。
     
   • 主张损害赔偿：若因债务人原因导致预告登记失效，债权人可要求债务人赔偿因丧失优先受偿权造成的损失（如房屋被其他债权人查封、拍卖后的差价损失）。
     
   • 行使不安抗辩权：若债务人行为表明其可能不履行主要债务，债权人可中止履行己方义务（如暂停放款），并要求债务人提供担保。

3. 实务建议

   • 及时催告：在能够办理抵押登记时，立即书面催告债务人配合，并留存送达证据。
     
   • 申请强制执行登记：若债务人拒不配合，可向法院起诉要求其履行配合义务，并凭生效判决申请强制执行登记。
     
   • 补充担保措施：在预告登记期间，可要求债务人提供其他担保（如保证、质押等），降低风险。

总结：预告抵押登记的失效需严格满足法定条件，债务人原因导致超期未登记不会直接导致失效，但债权人需积极采取法律手段维护权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据为您分析风险点及应对方案。