结论：针对员工以未签劳动合同为由申请仲裁要求双倍工资的情况，你可以从以下几个角度进行反驳：证明已签订劳动合同、证明未签合同的责任在员工、证明已过仲裁时效、证明存在特殊情形免除双倍工资责任。下面我将详细展开说明。
证明已签订劳动合同：
- 法律背景：根据《劳动合同法》的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。但如果你能证明已经与员工签订了劳动合同，则无需支付双倍工资。
- 反驳策略：提供劳动合同的原件或复印件作为证据，证明双方已经签订了书面劳动合同。如果劳动合同遗失或无法提供，可以尝试通过其他方式证明，如员工在劳动合同上的签字确认单、劳动合同签订时的照片或视频等。
证明未签合同的责任在员工：
- 法律背景：在某些情况下，未签订劳动合同的责任可能并不完全在用人单位。例如，如果员工拒绝签订劳动合同，或者故意拖延签订劳动合同的时间，用人单位可能无需承担双倍工资的责任。
- 反驳策略：提供证据证明员工拒绝签订劳动合同或故意拖延签订时间，如员工在入职时明确表示不签订劳动合同的书面声明、与员工沟通签订劳动合同的邮件或聊天记录等。
证明已过仲裁时效：
- 法律背景：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。如果员工在知道或应当知道其权利被侵害之日起超过一年才申请仲裁，则可能已过仲裁时效。
- 反驳策略：计算员工入职时间与申请仲裁时间之间的间隔，如果超过一年，则可以主张已过仲裁时效，从而免除双倍工资的责任。但需要注意的是，如果员工在离职后一年内申请仲裁，则时效期间应从离职之日起计算。
证明存在特殊情形免除双倍工资责任：
- 法律背景：在某些特殊情况下，即使未签订劳动合同，用人单位也可能无需承担双倍工资的责任。例如，如果用人单位已经尽到了诚实信用义务，而员工利用用人单位的管理漏洞或故意不签订劳动合同以谋取不正当利益，则用人单位可能无需承担责任。
- 反驳策略：提供证据证明用人单位已经尽到了诚实信用义务，如已经向员工提供了劳动合同文本、已经多次催促员工签订劳动合同等。同时，可以尝试证明员工存在利用管理漏洞或故意不签订劳动合同以谋取不正当利益的行为。
建议与后果：
- 在应对此类仲裁时，建议你积极收集证据，证明自己的主张。同时，也可以考虑与员工进行协商，寻求和解的可能性，以降低诉讼成本和风险。
- 如果仲裁结果不利，你还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。但需要注意的是，提起诉讼需要承担一定的诉讼费用和时间成本，因此需要谨慎考虑。
进一步思考：
- 为了避免未来再次发生类似纠纷，建议你加强劳动合同管理，确保与所有员工都签订书面劳动合同，并妥善保管劳动合同文本。
- 同时，你也可以考虑在劳动合同中增加一些条款，如明确双方的权利义务、违约责任等，以降低未来发生纠纷的风险。
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