结论前置：上班迟到几分钟就被扣薪水，这一行为是否合法需视具体情况而定，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了迟到几分钟将扣除相应薪水，并且这一规定已经通过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），且已向劳动者公示或告知，那么公司依据此规定扣除薪水是合法的。这是因为劳动者有义务遵守公司的合理规章制度。
   • 不合法情形：如果公司的规章制度中没有相关规定，或者规定未经民主程序制定，或者未向劳动者公示或告知，那么公司擅自扣除薪水就是违法的。此时，劳动者有权要求公司补发被扣除的薪水。

2. 劳动合同的角度：

   • 合法情形：如果劳动合同中明确约定了迟到将扣除薪水，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准等），那么公司依据劳动合同扣除薪水是合法的。
   • 不合法情形：如果劳动合同中没有相关约定，或者约定违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除薪水就是违法的。劳动者同样有权要求公司补发被扣除的薪水。

3. 法律法规的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，公司不得无故克扣或拖欠劳动者的工资。但是，对于因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 具体到迟到扣薪：如果迟到行为并未给公司造成实际经济损失，或者公司无法证明迟到行为与经济损失之间的直接关联，那么公司扣除薪水就可能缺乏法律依据。此外，即使迟到行为给公司造成了经济损失，公司扣除薪水的金额也应当合理，不得超过法定限额。

建议与行动：

• 如果你认为公司扣除薪水的行为不合法，可以先与公司进行协商，要求公司补发被扣除的薪水。
• 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 在处理此类问题时，建议你保留好相关的证据（如公司规章制度、劳动合同、工资条等），以便在需要时提供证明。

可能后果：

• 如果公司扣除薪水的行为被认定为违法，那么公司可能需要补发被扣除的薪水，并可能面临劳动监察部门的处罚。
• 如果劳动者因此与公司产生纠纷并提起诉讼或仲裁，公司还可能需要承担诉讼或仲裁费用以及可能的赔偿费用。

总之，上班迟到几分钟就被扣薪水是否合法需视具体情况而定。如果你对此有疑问或认为自己的权益受到了侵害，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。