结论：超过1000元的工资是可以发现金支付的，但这种方式并不推荐，且在实际操作中可能存在一些潜在问题和风险。以下从多个角度进行详细分析：
法律角度
支付方式无限制：从法律层面讲，并没有明确规定工资必须以何种形式支付，无论是现金、银行转账还是其他方式，只要能够证明工资已经支付给员工，且支付金额与约定相符，都是合法的。因此，超过1000元的工资发现金支付，在法律上并不构成问题。
税务合规性：然而，虽然支付方式本身不违法，但发现金支付工资可能涉及税务合规性问题。根据税法规定，企业应当为员工代扣代缴个人所得税，并按时向税务机关申报。如果以现金形式支付工资，企业需要确保准确记录并申报每一笔工资支付，以避免税务风险。
实际操作角度
管理成本增加：发现金支付工资会增加企业的管理成本。企业需要准备足够的现金，并确保现金的安全和准确发放。此外，现金支付还增加了记录和核算的难度，容易出错或产生纠纷。
员工权益保障：对于员工而言，现金支付工资可能不利于其权益保障。银行转账等电子支付方式可以留下明确的交易记录，作为工资支付的证据。而现金支付则可能因缺乏书面证据而引发争议，如员工否认收到工资或主张工资未足额支付等。
潜在风险：现金支付工资还存在一些潜在风险，如现金被盗、丢失或误发等。这些风险不仅可能给企业带来经济损失，还可能影响企业的声誉和员工关系。
建议与风险提示
推荐电子支付：为了降低管理成本、保障员工权益和减少潜在风险，我建议企业采用银行转账等电子支付方式支付工资。这种方式既方便又安全，且能够留下明确的交易记录作为证据。
完善记录与核算：如果企业确实需要发现金支付工资，应当建立完善的记录和核算制度。确保每一笔工资支付都有详细的记录，包括支付日期、支付金额、支付对象等信息，并定期进行核对和确认。
遵守税务规定：无论采用何种支付方式，企业都应当严格遵守税务规定，为员工代扣代缴个人所得税，并按时向税务机关申报。避免因税务问题而引发法律风险和经济损失。
如果您在工资支付方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。