结论是：是否值得为了5000元赔偿起诉邻居污染水井，不能一概而论，需要从多个角度进行考量。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 诉讼成本角度：

   • 诉讼成本包括律师费、诉讼费、鉴定费等。虽然5000元的赔偿看似不多，但如果诉讼成本过高，比如律师费和诉讼费加起来就接近或超过5000元，那么从经济角度来看，起诉可能并不划算。
   • 计算公式示例（假设仅考虑诉讼费，且按简易程序减半收取）：若诉讼标的为5000元，根据《诉讼费用交纳办法》，财产案件根据诉讼请求的金额或者价额，按照比例分段累计交纳，5000元对应的诉讼费为50元（简易程序减半后为25元），但这只是诉讼费，未包括其他可能产生的费用。
   • 此外，如果诉讼过程复杂，需要多次开庭、鉴定等，那么时间成本和精力成本也是不可忽视的。

2. 法律权益角度：

   • 从法律权益的角度来看，如果邻居确实污染了你的水井，对你的生活造成了影响，那么你有权要求邻居停止侵害、恢复原状并赔偿损失。这是你的合法权益，不受赔偿金额大小的限制。
   • 即使赔偿金额不大，但通过诉讼可以明确邻居的侵权责任，防止其再次侵权，这也是一种法律上的保护。

3. 实际效果角度：

   • 起诉邻居可能会对邻里关系产生负面影响。如果双方能够协商解决，或者通过社区调解等方式达成和解，那么可能更有利于维护和谐的邻里关系。
   • 另一方面，如果邻居态度恶劣，拒不承认侵权或拒绝赔偿，那么通过诉讼来维护自己的权益也是必要的。

4. 未来影响角度：

   • 诉讼记录可能会对你的信用记录或社会评价产生一定影响，尽管这种影响通常较小，但在某些特定情况下（如贷款、求职等）可能会被考虑。
   • 然而，从另一个角度来看，通过合法途径维护自己的权益也是展现你法律意识和维权能力的一种方式。

综合建议：

• 在决定是否起诉前，你可以先尝试与邻居进行协商，看是否能够达成和解并获得合理的赔偿。
• 如果协商无果，你可以考虑咨询专业律师（当然，你可以直接向我咨询，我专注于婚姻家庭、侵权纠纷领域），了解具体的诉讼成本和胜诉可能性。
• 在权衡诉讼成本、法律权益、实际效果和未来影响后，再做出是否起诉的决定。

希望这些分析能够帮助你做出更明智的选择。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。