核心结论：员工签署离职协议后，公休工资（即未休年休假工资）的结算需根据具体情况判断，主要分为以下两种情况：

1. 若员工未休完当年应休年休假即离职
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条，用人单位需按员工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位已支付员工正常工作期间的工资收入。
   计算方式：

   • 日工资收入=前12个月平均工资（剔除加班工资）÷21.75天
     
   • 未休年休假工资=日工资×未休天数×200%（因正常工资已支付，额外支付200%即可）
     例外：若用人单位已安排员工休年休假，但员工因本人原因书面提出不休，可仅支付正常工资，无需额外补偿。

2. 若员工已休完年休假但离职时存在争议

   • 情况一：若员工实际工作年限未满1年即离职，且未休年休假，用人单位需按实际工作月份比例折算未休天数并支付工资（例如工作6个月，可休5天年休假中的2.5天）。
     
   • 情况二：若用人单位与员工在离职协议中已明确约定“放弃未休年休假工资”或“工资已结清”，需审查协议是否合法：
     
     • 若协议系双方真实意思表示（无欺诈、胁迫），且工资已实际支付，可能被认定为有效；
       
     • 若协议排除员工法定权利（如未休年休假工资属于法定补偿），可能因违反强制性规定被认定无效。

实务建议：

• 员工签署离职协议前，务必核对未休年休假天数及工资结算明细，要求用人单位在协议中明确“已结清未休年休假工资”；
  
• 用人单位应避免通过“格式条款”免除法定责任，否则可能面临劳动监察处罚或员工事后追偿；
  
• 若双方对结算金额有争议，可申请劳动仲裁，仲裁时效为离职后1年内。

如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。