灵工合同（灵活用工合同）是否需要做工资申报，需分情况讨论，具体如下：

1. 若灵活用工人员与用工单位构成劳动关系
   根据《中华人民共和国个人所得税法》及《工资支付暂行规定》，只要用工单位与灵活用工人员存在事实劳动关系（如受用工单位管理、从事其安排的有报酬劳动），无论合同名称如何，用工单位均需按“工资薪金所得”代扣代缴个人所得税，并在企业所得税汇算清缴时将该支出列入工资薪金总额进行税前扣除。此时需通过工资申报系统（如自然人电子税务局）完成申报义务。

2. 若灵活用工人员与用工单位构成劳务关系
   若双方为平等民事主体间的劳务合作（如临时提供设计、翻译等服务），用工单位需按“劳务报酬所得”预扣预缴个人所得税。根据国家税务总局公告2020年第13号，此类收入需通过“自然人电子税务局（扣缴端）”的“劳务报酬”模块申报，而非传统工资申报系统。需注意：若单次收入超过500元，用工单位需取得灵活用工人员代开的发票作为税前扣除凭证。

3. 特殊情形：平台型灵活用工
   若通过第三方灵活用工平台结算报酬，需区分平台角色：

   • 若平台仅作为信息中介（不参与资金结算），用工单位仍需按上述劳动关系或劳务关系处理申报义务；
     
   • 若平台承担资金代付及个税代缴责任（需取得税务机关委托代征资质），则由平台完成申报，用工单位需留存平台出具的完税凭证作为合规依据。

实务建议：

• 用工单位应通过书面合同明确双方权利义务，避免因合同性质模糊导致税务风险；
  
• 建议每月核对灵活用工人员收入申报记录，确保与银行付款凭证、个税申报记录一致；
  
• 若涉及跨境灵活用工，还需关注非居民纳税人税收协定适用及源泉扣缴义务。
  

如有具体合同文本或业务模式需要分析，可直接提供细节，我将进一步结合地方税务政策为您解读。