农民工工资保证金一般不由发包方在月度进度款中直接代扣，具体支付方式需依据合同约定及地方规定来确定。以下从不同角度为你详细分析：

合同约定角度

在建设工程合同中，发包方与承包方会就工程款的支付方式、时间、比例等条款进行详细约定。关于农民工工资保证金的支付，如果合同中明确约定了由发包方在月度进度款中代扣农民工工资保证金，那么双方应按照合同约定执行。但这种情况并不常见，因为农民工工资保证金通常是为了保障农民工的合法权益，确保他们能够按时足额获得工资，其支付和管理往往受到更严格的监管。

地方规定角度

不同地区对于农民工工资保证金的管理有不同的规定。一些地方可能要求承包方在开工前按照一定比例缴纳农民工工资保证金，该保证金可能由建设行政主管部门或相关机构进行管理，用于在承包方拖欠农民工工资时进行垫付。在这种情况下，发包方通常不会直接在月度进度款中代扣农民工工资保证金。

实际操作角度

在实际操作中，农民工工资保证金的支付和管理往往涉及多个环节和部门。即使合同中约定了由发包方代扣，也需要确保代扣的款项能够及时、准确地缴纳到指定的账户，并用于保障农民工的工资支付。这要求发包方、承包方以及相关管理部门之间建立有效的沟通机制和监管体系。

法律建议

1. 审查合同条款：在签订建设工程合同时，双方应仔细审查合同中关于农民工工资保证金的支付条款，确保条款的合法性和合理性。
2. 了解地方规定：在开工前，承包方应了解并遵守当地关于农民工工资保证金的管理规定，确保按时足额缴纳保证金。
3. 建立沟通机制：发包方、承包方以及相关管理部门之间应建立有效的沟通机制，确保农民工工资保证金的支付和管理能够顺利进行。

如果在实际操作中遇到关于农民工工资保证金支付的问题，建议及时咨询当地的建设行政主管部门或相关机构，以获取更具体的指导和帮助。同时，如果你有任何关于劳动工伤（工资福利）领域的法律问题，也可以直接向我咨询，我会为你提供专业的解答和建议。