农民工工资保证金并不包含在工程款里面，以下是关于农民工工资保证金的详细解释：

一、缴纳依据与目的

农民工工资保证金的缴纳具有明确的法律依据，根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，施工总承包单位需要按照有关规定存储工资保证金。这笔保证金的专项用途是支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资，其目的在于确保农民工能够按时足额获得工资，从而维护他们的合法权益，并促进建筑市场的健康有序发展。

二、缴纳主体与范围

农民工工资保证金的缴纳主体是施工总承包单位，这包括直接承包建设单位发包工程的专业承包企业。其适用范围通常涵盖各类房屋建筑和市政基础设施工程建设项目。不过，具体的范围和条件可能因地区而异，例如，某些地区可能会根据企业的历史表现（如是否连续未发生工资拖欠）来调整存储比例或给予减免。

三、缴纳标准与方式

农民工工资保证金的缴纳标准，包括存储比例、存储形式以及减免措施等，通常由省级人力资源社会保障行政部门会同相关部门制定。一般来说，会设定一个具体的存储金额或按合同造价的一定比例来存储。在缴纳方式上，施工总承包单位可以选择以银行保函、工程担保公司保函或工程保证保险等方式替代现金存储，或者按规定直接存储现金。

四、监管与返还

农民工工资保证金受到行业工程建设主管部门和人力资源社会保障行政部门的严格监管，以确保其专款专用。在工程项目竣工（交工）验收合格后的一定期限内，如果工程项目未发生工资拖欠情况，且已全额支付农民工工资，施工总承包单位可以申请返还工资保证金及其利息。

综上所述，农民工工资保证金是独立于工程款之外的一项专项资金，其设立和缴纳都是为了保障农民工的合法权益。因此，农民工工资保证金并不包含在工程款里面。